Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGCTCAGAATCAGATGGACAAGGGTGGTTATTCAATTGTTCTTGAGCCACCTGAGGGTAACACTGATACCTCATGGTTTACCAAGGGAACTGTTGAAAGgtttgactttttagcattttggtttattgttctgttcagcggagattgaaagttgaatccatttaaacatgcttcttagagattatcgttggtattatta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G35020.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G35020.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0049g01280.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
---CTGCTCAGAATCAGATGGACAAGGGTGGTTATTCAATTGTTCTTGAGCCACCTGAGGGTAACACTGATACCTCATGGTTTACCAAGGGAACTGTTGAAAGgtttg-act-ttttagcattttggtttattgttctgttcagcggagattgaaagttgaatccatttaaacatgc-ttcttagagattatcgttggtattatta-
   |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| |||    |   |  || |||| |  |||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||  ||  |  | |     |||| |        ||      || ||   ||  | |   || || |  || | |    ||||| ||||   
AGACTGCTCAGGATCAGATTGCCAAGGGTGGTTATTCAATTATTCTTGAACCA---AAACCTGGCAGTGATGCAACATGGTTTGCCAAGGGCACTGTGGAAAGgtttgtactgttttatgatgcttctctcacaatctgattttt---catcatgtatttaacatatacatattggcattgtcggaaactcattttggt-ttatgga