1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gttgtgatggaagtttggaaaatgatgaggctgaggtatgtgatgcaaacactaaacagaaagagttggcggagtcatgctatccttctctggcagAAGATAAGATAAGGAATCAGATGCTAGATGAAGCTGAGCTGAAATCCAATTTAAGTGGAGGAGACAGAAGCAAGGACATGCATTCTGTTCTGATCCCTGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G34320.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gatgcaaacactaaacagaaagagttggcggagtcatgctatccttctctggcagAAGATAAGATAAGGAATCAGATGCTAGATGAAGCTGAGCTGAAATCCAATTTAAGTGGAGGAGACAGAAGCAAGGACATGCATTCTGTTCTGATCCCTGT
cactaaa putative branch site (score: 2)
tgctatccttctct putative PPT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttgtgatggaagtttggaaaatgatgaggctgaggtatgtgatgcaaacactaaacagaaagagttggcggagtcatgctatccttctctggcagAAGATAAGATAAGGAATCAGATGCTAGATGAAGCTGAGCTGAAATCCAATTTAAGTGGAGGAGACAGAAGCAAGGACATGCATTCTGTTCTGATCCCTGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG