Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtaattcttctacactggatatgataacagcacctttttgtttttgttgttgttacataacagcatcttttatttgcaaattctcttatcctaataacatgtttaaatgttggtatgctacagAGAATGCTTATACAACAACAAAGGGTAAGGAATCTGATGTATACAGTTATGGGGTAGTTTTGCTGGAGCTGATATCCAGAAAGAAGCCATTGGATGCATC
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G33620.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA20G33620.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G17750.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
gtaattcttctacactggatatgataacagcacctttttgtttttgttgttgttacataacagcatcttttatttgcaaattctcttatcctaataacatgtttaaatgttggtatgctacagAGAATGCTTATACAACAACAAAGGGTAAGGAATCTGATGTATACAGTTATGGGGTAGTTTTGCTGGAGCTGATATCCAGAAAGAAGCCATTGGATGCATC
| | | | || | | ||| | | |||| || | | | | || | | ||| | || | ||| ||||| ||||| || | || | | | |||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||| || | |||||| || |||| |||
---------------------------------gtatatatacttctcaacataacacgttcgta--ttttgttcaccgttaccttattcatgctctgatgaccatatttc--tatcaaacagAAAATGCGTACAAGACGGTGAGGAGCAAGGAATCAGATGTTTACAGTTATGGAGTTGTTTTGCTCGAGCTGGTAACAGGAAAGAGAGCACTGGACAGATCMapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|254324051|gb|GR840476.1|GR840476EST: CTCAACACAGTTATCATCTGTTGCTGGTACACTTGGTTATATAGCACCAG AGAATGCTTATACAACAACAAAGGGTAAGGAATCTGATGTATACAGTTATG
genomic: CTCAACACAGTTATCATCTGTTGCTGGTACACTTGGTTATATAGCACCAGgtaattcttc ... tatgctacagAGAATGCTTATACAACAACAAAGGGTAAGGAATCTGATGTATACAGTTATG
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tttatttgcaaattctcttatcctaataacatgtttaaatgttggtatgctacagAGAATGCTTATACAACAACAAAGGGTAAGGAATCTGATGTATACAGTTATGGGGTAGTTTTGCTGGAGCTGATATCCAGAAAGAAGCCATTGGATGCATC
taataac putative branch site (score: 1)
taataacatgtttaaa TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtaattcttctacactggatatgataacagcacctttttgtttttgttgttgttacataacagcatcttttatttgcaaattctcttatcctaataacatgtttaaatgttggtatgctacagAGAATGCTTATACAACAACAAAGGGTAAGGAATCTGATGTATACAGTTATGGGGTAGTTTTGCTGGAGCTGATATCCAGAAAGAAGCCATTGGATGCATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC