1 5' 3' | 2 5' 3' |
...ctagtgatgagtttttttttccttcttctggttgttaacgctactaatttcaaatttgtctgatcattgataagttatggttgtattttggattatgcagTCTGGATGTTGTAAGCCACCAACTGCTTGCACTTACAACGTGGCAACAATGATGATGACCCAAGACCCTGATTGCTACAGGTGGAACAATGCCCCTAATT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G31900.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTCTTGGACCCCTCTTGATTATATGCAAAGGGATATGTCTCCAATACAG TCTGGATGTTGTAAGCCACCAACTGCTTGCACTTACAACGTGGCAACAATGEST: gi|23732976|gb|BU764668.1|BU764668
genomic: CCACTTGGACCCCTCTTGATTATATGCAAAGGGATATGTCTCCAATACAGgtacaattag ... gattatgcagTCTGGATGTTGTAAGCCACCAACTGCTTGCACTTACAACGTGGCAACAATG
EST: GATTATATGCAAAGGGATATGTCTCCAATACAG TCTGGATGTT-TAAGCCACCAACTGCTTGCACTTACAACGTGGCAACAATGEST: gi|9565453|gb|BE474962.1|BE474962
genomic: GATTATATGCAAAGGGATATGTCTCCAATACAGgtacaattag ... gattatgcagTCTGGATGTTGTAAGCCACCAACTGCTTGCACTTACAACGTGGCAACAATG
EST: CCACTTGGACCCCTCTTGATTATATGCAAAGGGATATGTCTCCAATACAG TCTGGATGTTGEST: gi|192324588|gb|FK016809.1|FK016809
genomic: CCACTTGGACCCCTCTTGATTATATGCAAAGGGATATGTCTCCAATACAGgtacaattag ... gattatgcagTCTGGATGTTG
EST: CCACTTGGACCCCTCTTGATTATATGCAAAGGGATATGTCTCCAATACAG TCTGGATGTTGTAAGCCACCAACTGCTTGCACTTACAACGTGGCAACAATG
genomic: CCACTTGGACCCCTCTTGATTATATGCAAAGGGATATGTCTCCAATACAGgtacaattag ... gattatgcagTCTGGATGTTGTAAGCCACCAACTGCTTGCACTTACAACGTGGCAACAATG
aatttcaaatttgtctgatcattgataagttatggttgtattttggattatgcagTCTGGATGTTGTAAGCCACCAACTGCTTGCACTTACAACGTGGCAACAATGATGATGACCCAAGACCCTGATTGCTACAGGTGGAACAATGCCCCTAATT
ataagttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctagtgatgagtttttttttccttcttctggttgttaacgctactaatttcaaatttgtctgatcattgataagttatggttgtattttggattatgcagTCTGGATGTTGTAAGCCACCAACTGCTTGCACTTACAACGTGGCAACAATGATGATGACCCAAGACCCTGATTGCTACAGGTGGAACAATGCCCCTAATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - tgatgag
- - - - - - - - - - - -tcttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctacta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggttgta