Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaatgaaatatgtgctgattttatttgtttctttatatgttttatttgatagggtgctaacaccccttatttttatcatgtggaattgtgtccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGCTAGCAGAGCCTTAGCAAAGATGTCTTTTGAAGAGAAAGATCTGACTGGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G29660.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G29660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os10g35870.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
gaatgaaatatgtgctgattttatttgtttctttatatgttttatttgatagggtgctaacaccccttatttttatcatgtggaatt---gtgtccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGCTAGCAGAGCCTTAGCAAAGATGTCTTTTGAAGAGAAAGATCTGACTGGG
 | ||    || |||   |  ||||   || |  |  ||  |  ||  |||   |  ||||     || |  ||| |||    | ||     | | |   ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||  | || |||||||| || ||     | ||| |||| || 
-attgttgcat-tgcccctaatattctgttttgaaagtggatacttaaatatttt-ttaactgtgtttctaattaccattcacattttgacggccatatgcagGATGTTCTATGGACCTGGTGGACCTTATGCGCTATTCGCTGGCAAAGATGCCAGCAGAGCACTCGCTAAGATGTCCTTCGAGCCCCAGGATTTGACCGGT

upper sequence: GLYMA20G29660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os02g42740.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
-------------------------------gaatgaaatatgtgctgattttatttgtttctttatatgttttat----ttgatagggtgctaacacccctt-----atttttatc---atgtggaattgtgtcc----ttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGCTAGCAGAGCCTTAGCAAAGATGTCTTTTGAAGAGAAAGATCTGACTGGG
                                |||   ||     ||   |||  |||  || |   |     |||     |   |     ||| | |    |     || ||  ||   || |    ||   ||     ||  ||||||||| |||||||||||||| || || || || ||||| ||||  |||||||| ||||| || || |||||||| || ||   | | ||| | || || 
gtaggcttccttcatttcttgggtaccgtaaaaattcgatcgaaactttcttttcttggatcatggcactacctatgaccattgcaaatcactagctctagctgcaaaatgttcgtccatatttcatctttcatctccgttttgcagGATGTTCTATGGACCTGGTGGCCCATACGCACTGTTTGCAGGCAGAGATGCTAGTAGAGCTTTGGCGAAGATGTCCTTCGAGCTGGATGATTTAACCGGC

upper sequence: GLYMA20G29660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G107444_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gaatgaaatatgtgctgattttatttgtttctttatatgttttatttgatagggtgctaacaccccttatttttatcatgtgg-aattgtgtccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGCTAGCAGAGCCTTAGCAAAGATGTCTTTTGAAGAGAAAGATCTGACTGGG
   ||  |      ||   |   |      |        | || |    |    || | | |  |  ||||| ||   | |   |||||   |||   ||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| || || ||||||||| |||| |||||||| || ||     | |||||||| || 
agttgtgaatcaatctctctcagtccacagccccgcccttcttttacttttacatgttga-attctgtatttataatgtttatcaattgacccctgtgcagAATGTTCTATGGACCTGGTGGACCATACGCCCTATTCGCCGGCAAAGACGCCAGCAGAGCCCTAGCGAAGATGTCCTTCGAGCCACAGGATCTGACCGGC

upper sequence: GLYMA20G29660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM5G882228_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gaatgaaatatgtgctgattttatttgtttctttatatgttttatttgatagggtgctaacaccccttatttttatca---tgtggaattgtgtccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGCTAGCAGAGCCTTAGCAAAGATGTCTTTTGAAGAGAAAGATCTGACTGGG
 || || |  ||||| |||||     |   |        |||| ||   | |  |    |    |  ||  | || ||   |||  || ||   ||| | ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||  |||| |||||||| || ||     | || || || || 
-aaggacagttgtgcagatttggcgagcacccccggcccttttcttactttgcatatcga-gttctgtacatgtaacagtttgttaaaatg-accctacgcagAATGTTCTATGGACCTGGCGGACCTTACGCCCTGTTCGCCGGCAAAGATGCCAGCAGAGCTCTAGCGAAGATGTCGTTCGAGCCACAGGACCTCACCGGC

upper sequence: GLYMA20G29660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S97_92V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
gaatgaaatatgtgctgattttatttgtttctttatatgttttatttgatagggtgctaacaccccttatttttatcatgtggaattgtgtccttcc-cagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGCTAGCAGAGCCTTAGCAAAGATGTCTTTTGAAGAGAAAGATCTGACTGGG
  ||    || |         |   |      |  | || |     |  ||   |  |      | || | |   |||    | | ||| |  |    ||||   ||||| ||| |||| |||||||||||||| || ||||| || || || || ||||| || || || ||||||||||| ||||| |||||||| || 
-tatttcttacggaggagcgatgacttgccactagtgtggtcagggttctaaactatttgttgactttctgtagttcaaaccggaatgtctgttgaaacagGGCATTTTACGGAACTGGAGGACCTTATGCCCTCTTCGCTGGAAAAGACGCAAGTAGAGCATTGGCTAAAATGTCTTTTGAGGAGAAGGATCTGACAGGT

upper sequence: GLYMA20G29660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S38_353V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
-gaatgaaatatgtgctgattttatttgtttcttta---tatgttttatttgatagggtgctaacaccccttatttttatcatgtggaattgtgtccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGCTAGCAGAGCCTTAGCAAAGATGTCTTTTGAAGAGAAAGATCTGACTGGG
 ||||    | | | | ||  |   | ||||        |||  | ||   ||||   | || | ||    |||      |   |||||    ||      ||||   |||||||||||||| ||||| || || || |||||||| || || || ||||| ||  | || || ||||||||||| ||||| ||||||||||| 
agaatcgtctctcttccgaggtctatcgtttgagagacctatcatgtaacggataaacttctgagacttactatggaacgctcctggaacatcgtaa----cagGGCATTTTATGGACCTGGCGGACCATACGCACTCTTTGCTGGGAAAGACGCCAGCAGGGCTCTGGCCAAAATGTCTTTTGAGGAGAAGGATCTGACTGGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|24205142|gb|BU964395.1|BU964395
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|209708579|gb|BW668192.1|BW668192
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|8404079|gb|BE059713.1|BE059713
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|7589030|gb|AW704813.1|AW704813
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|254334454|gb|GR844239.1|GR844239
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|193444260|gb|FK408410.1|FK408410
EST:     ATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: ATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|14126378|gb|BG790816.1|BG790816
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|209702407|gb|BW656383.1|BW656383
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|209709154|gb|BW658748.1|BW658748
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|9565479|gb|BE474988.1|BE474988
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|5687997|gb|AI941012.1|AI941012
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|6070890|gb|AW100277.1|AW100277
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|5677101|gb|AI938231.1|AI938231
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAAAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|9564926|gb|BE474435.1|BE474435
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|120534330|gb|EH262463.1|EH262463
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|193335888|gb|FK300588.1|FK300588
EST:     GATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTAATTTGCTGGCAAGGATG
genomic: GATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCT-ATTTGCTGGCAAGGATG
EST: gi|213615230|gb|DB965038.1|DB965038
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|21994764|gb|BQ786292.1|BQ786292
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|19935093|gb|BQ080123.1|BQ080123
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|213597239|gb|DB962485.1|DB962485
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|254333288|gb|GR850538.1|GR850538
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|5508959|gb|AI855517.1|AI855517
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|7589108|gb|AW704889.1|AW704889
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|37994597|gb|CF806284.1|CF806284
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|209716941|gb|BW665501.1|BW665501
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|193621517|gb|FK571007.1|FK571007
EST:     AGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: AGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|12496308|gb|BG046990.1|BG046990
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|6454974|gb|AW185657.1|AW185657
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|16280091|gb|BI943778.1|BI943778
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGGCA-GGATG
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGG-CAAGGATG
EST: gi|120493219|gb|EH221386.1|EH221386
EST:     CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAG                         GATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGGCA-GGATG
genomic: CCCTTGCTCATGGCCATCAAGGCCCAGATCTATGATGTCTCCCAGAGCAGgtttactgtc ... tccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGG-CAAGGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgatagggtgctaacaccccttatttttatcatgtggaattgtgtccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGCTAGCAGAGCCTTAGCAAAGATGTCTTTTGAAGAGAAAGATCTGACTGGG
         tgctaac  putative branch site (score: 1)
                                           tgtccttccc  putative PPT
                     ttatttttatcatgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gaatgaaatatgtgctgattttatttgtttctttatatgttttatttgatagggtgctaacaccccttatttttatcatgtggaattgtgtccttcccagGATGTTTTATGGACCTGGTGGACCTTATGCCCTATTTGCTGGCAAGGATGCTAGCAGAGCCTTAGCAAAGATGTCTTTTGAAGAGAAAGATCTGACTGGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - tgctgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctaac