Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATCTCCGAGACTACCGCATTTTGGAGTTCAACTCCAAACCCAACACCCTCCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtattatttacttaataaacatcatcacttgcttctgcttcttgtaaaattatgatgatgaatttgttctgttaattacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G28650.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9987344|gb|BE661452.1|BE661452
EST:     ATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: ATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|6964352|gb|AW433045.1|AW433045
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|14011125|gb|BG726056.1|BG726056
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|13787921|gb|BG650513.1|BG650513
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|11687301|gb|BF594941.1|BF594941
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|5057627|gb|AI736103.1|AI736103
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|298170715|gb|HO015691.1|HO015691
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|298196438|gb|HO041181.1|HO041181
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGTTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|5342593|gb|AI794877.1|AI794877
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|13790702|gb|BG653293.1|BG653293
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|6915682|gb|AW397212.1|AW397212
EST:     GACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: GACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|6747508|gb|AW317964.1|AW317964
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|13787950|gb|BG650542.1|BG650542
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|13788039|gb|BG650631.1|BG650631
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|11689020|gb|BF596626.1|BF596626
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|5510431|gb|AI856815.1|AI856815
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|11688983|gb|BF596589.1|BF596589
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|298177722|gb|HO023741.1|HO023741
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|5342852|gb|AI795136.1|AI795136
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|5126911|gb|AI748647.1|AI748647
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|5126919|gb|AI748655.1|AI748655
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|6916329|gb|AW397859.1|AW397859
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|298168226|gb|HO013489.1|HO013489
EST:     TGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: TGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|12772832|gb|BG237759.1|BG237759
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|5126943|gb|AI748679.1|AI748679
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|6747315|gb|AW317771.1|AW317771
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|7042643|gb|AW472537.1|AW472537
EST:     CTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|11688005|gb|BF595681.1|BF595681
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|5057477|gb|AI735953.1|AI735953
EST:     AACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: AACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|5126557|gb|AI748293.1|AI748293
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|9987341|gb|BE661449.1|BE661449
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|5126504|gb|AI748240.1|AI748240
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|6916232|gb|AW397762.1|AW397762
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|5688178|gb|AI941193.1|AI941193
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|6916440|gb|AW397970.1|AW397970
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|13788283|gb|BG650875.1|BG650875
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|14011224|gb|BG726146.1|BG726146
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|5127016|gb|AI748752.1|AI748752
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
EST: gi|11688154|gb|BF595830.1|BF595830
EST:     CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACG                         GGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC
genomic: CCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtatta ... ttaattacagGGACTGCCATTCTTTCCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAGAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AATCTCCGAGACTACCGCATTTTGGAGTTCAACTCCAAACCCAACACCCTCCTTCTCCCCAACCATGCTGACGCTGATTACCTCATCGTTATCCTTAACGgtgagtattatttacttaataaacatcatcacttgcttctgcttcttgtaaaattatgatgatgaatttgttctgttaattacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT