Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agctcaacagtgattgcattagttcatcctaaaatggaattggtggtgttgtagattaattgattgcatatgactcactatatgtactttcttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAATGTGCCAAATATGGAACTGTAACCCGAGTTCTGATATTTGAGATAACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G02910.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G02910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G145034_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
agctcaacagtgattgcattagttcatcctaaaatggaattggtggtgttgtagat-taattgattgcatatgactcac-tatatgtactttcttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAATGTGCCAAATATGGAACTGTAACCCGAGTTCTGATATTTGAGATAACAG
 ||| |    |    | |||   |  | |   ||  |||       | |   | ||  ||||   |  | |   || |   |    |      |   || |||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| | ||| || |||||||| ||||| || ||  | || || |||||||||||||| ||| 
tgcttactgttagagggattgaattgttcaggaa--gaaggaaacatatcacatatacaattctgtaaacagttcttatgcacgattgtgaaatatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAGTGTGCCAAGTATGGGACGGTTTCTCGGGTGCTGATATTTGAGATCACAC

upper sequence: GLYMA20G02910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv10s0003g04720.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
-agctcaacagtgattgcattagttcatcctaaaatggaattggtggtgttgtagatta-attgattgcatatgactcactatatgtactttcttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAATGTGCCAAATATGGAACTGTAACCCGAGTTCTGATATTTGAGATAACAG
 |  | ||   |  ||| ||   |     | | | |     |  | ||||   | | |  |  | ||     |   | | | |||      |  | ||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||| ||||| || || || ||||| ||||| || || || || ||||| || ||||||||||||||||
gatgtaaatttttgttgtatccat--gatccacattcagggtactagtgtgaaaaaatggagaggtttgtcctttttaattgtattgttcattctcttgaagGTGGGCCCTGGTGAGGTGGATGATGAACTAGAAGACGAGGTTGGGTCAGAGTGTGCAAAATACGGCACAGTGACTCGAGTACTCATATTTGAGATAACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193623421|gb|FK577823.1|FK577823
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208171301|gb|GD973182.1|GD973182
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208332594|gb|GE129041.1|GE129041
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208026211|gb|GD822509.1|GD822509
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193521680|gb|FK479453.1|FK479453
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193413686|gb|FK379559.1|FK379559
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193486281|gb|FK453013.1|FK453013
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208333447|gb|GE126212.1|GE126212
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208183559|gb|GD985309.1|GD985309
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208167932|gb|GD966032.1|GD966032
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208215395|gb|GE012452.1|GE012452
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193646386|gb|FK590059.1|FK590059
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193557655|gb|FK511968.1|FK511968
EST:     TACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: TACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193563842|gb|FK517405.1|FK517405
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193716345|gb|FK653651.1|FK653651
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208111768|gb|GD913266.1|GD913266
EST:     TGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: TGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193525154|gb|FK477971.1|FK477971
EST:     GGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193474709|gb|FK441028.1|FK441028
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|207682314|gb|GD665329.1|GD665329
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208059594|gb|GD858352.1|GD858352
EST:     TTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: TTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193587735|gb|FK542224.1|FK542224
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193684216|gb|FK623480.1|FK623480
EST:     AGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: AGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208269693|gb|GE070379.1|GE070379
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193722463|gb|FK662123.1|FK662123
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193562797|gb|FK521750.1|FK521750
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208270887|gb|GE066129.1|GE066129
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193407359|gb|FK372692.1|FK372692
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208032347|gb|GD828592.1|GD828592
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|207772995|gb|GD746135.1|GD746135
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAGGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193717771|gb|FK651195.1|FK651195
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCGGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAAGGATCTGA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTA-GGATCTGA
EST: gi|207696351|gb|GD677818.1|GD677818
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTATCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|9902821|gb|BE611789.1|BE611789
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|16106395|gb|BI894135.1|BI894135
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193597674|gb|FK550088.1|FK550088
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208051489|gb|GD845942.1|GD845942
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208175593|gb|GD979844.1|GD979844
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCTGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193398646|gb|FK361656.1|FK361656
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|207842367|gb|GD814191.1|GD814191
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|207812733|gb|GD784555.1|GD784555
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|207690389|gb|GD673146.1|GD673146
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208117189|gb|GD915891.1|GD915891
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|207687334|gb|GD669336.1|GD669336
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208245266|gb|GE037068.1|GE037068
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208191435|gb|GD987869.1|GD987869
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCTTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193661461|gb|FK604431.1|FK604431
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208290425|gb|GE084519.1|GE084519
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193521977|gb|FK482536.1|FK482536
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193729094|gb|FK665132.1|FK665132
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTG
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTG
EST: gi|193637876|gb|FK578608.1|FK578608
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGTGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193713193|gb|FK651868.1|FK651868
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193546564|gb|FK500963.1|FK500963
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAG
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAG
EST: gi|193317469|gb|FK281631.1|FK281631
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193422982|gb|FK388075.1|FK388075
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193432590|gb|FK394276.1|FK394276
EST:     TGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: TGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGT-GCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208219547|gb|GE018839.1|GE018839
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208180078|gb|GD978841.1|GD978841
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|14206353|gb|BG840031.1|BG840031
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193368910|gb|FK334716.1|FK334716
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193618773|gb|FK566765.1|FK566765
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193712611|gb|FK649718.1|FK649718
EST:     CCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: CCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208225021|gb|GE022206.1|GE022206
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193569141|gb|FK526556.1|FK526556
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|163927071|gb|EH039371.1|EH039371
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193536581|gb|FK490521.1|FK490521
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208052668|gb|GD849991.1|GD849991
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193318307|gb|FK285829.1|FK285829
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|21602455|gb|BQ612786.1|BQ612786
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193567799|gb|FK522106.1|FK522106
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|208198071|gb|GD995960.1|GD995960
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
EST: gi|193711872|gb|FK642217.1|FK642217
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtatgtcaca ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgttgtagattaattgattgcatatgactcactatatgtactttcttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAATGTGCCAAATATGGAACTGTAACCCGAGTTCTGATATTTGAGATAACAG
                          gactcac  putative branch site (score: 2)
                                         ctttcttgtt  putative PPT
      tagattaattgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agctcaacagtgattgcattagttcatcctaaaatggaattggtggtgttgtagattaattgattgcatatgactcactatatgtactttcttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTAGAAGATGAGGTAGGATCTGAATGTGCCAAATATGGAACTGTAACCCGAGTTCTGATATTTGAGATAACAG

- ctcaaca
- - - - - - - tgcatta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggtggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcatat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgtac