1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...atcaatttgaatgatatagtgatacataggtgcaaattcaattaatttgttctgcactgtgtgagactttctttgagattgactatctgttatatgccagTTTGTTCGTAAAGGAGTGTTTGGAAGAGTTCTACATGACATATGATGATACCAGTTTGAGAGGGAATGGTGCTGATCTGTTGACGAGGGTTGCTCGAAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G02460.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTGCTGGAAGTGCTTTGAATGGTGCTGTAATGTCTTTTCCAAGACACAG TTTGTTCGTAAAGGAGTGTTTGGAAGAGTTCTACATGACATATGATGATACEST: gi|42723209|gb|CK769108.1|CK769108
genomic: GGTGCTGGAAGTGCTTTGAATGGTGCTGTAATGTCTTTTCCAAGACACAGgtattgttag ... tatatgccagTTTGTTCGTAAAGGAGTGTTTGGAAGAGTTCTACATGACATATGATGATAC
EST: GGTGCTGGAAGTGCTTTGAATGGTGCTGTAATGTCTTTTCCAAGACACAG TTTGTTCGTAAAGGAGTGTTTGGAAGAGTTCTACATGACATATGATGATACEST: gi|23730355|gb|BU763270.1|BU763270
genomic: GGTGCTGGAAGTGCTTTGAATGGTGCTGTAATGTCTTTTCCAAGACACAGgtattgttag ... tatatgccagTTTGTTCGTAAAGGAGTGTTTGGAAGAGTTCTACATGACATATGATGATAC
EST: GGTGCTGGAAGTGCTTTGAATGGTGCTGTAATGTCTTTTCCAAGACACAG TTTGTTCGTAAAGGAGTGTTTGGAAGAGTTCTACATGACATATGATGATAC
genomic: GGTGCTGGAAGTGCTTTGAATGGTGCTGTAATGTCTTTTCCAAGACACAGgtattgttag ... tatatgccagTTTGTTCGTAAAGGAGTGTTTGGAAGAGTTCTACATGACATATGATGATAC
tttgttctgcactgtgtgagactttctttgagattgactatctgttatatgccagTTTGTTCGTAAAGGAGTGTTTGGAAGAGTTCTACATGACATATGATGATACCAGTTTGAGAGGGAATGGTGCTGATCTGTTGACGAGGGTTGCTCGAAAA
gattgac putative branch site (score: 3)
tgttatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atcaatttgaatgatatagtgatacataggtgcaaattcaattaatttgttctgcactgtgtgagactttctttgagattgactatctgttatatgccagTTTGTTCGTAAAGGAGTGTTTGGAAGAGTTCTACATGACATATGATGATACCAGTTTGAGAGGGAATGGTGCTGATCTGTTGACGAGGGTTGCTCGAAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - -tgaatga
- - - - - - - - - - - - - -aggtgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctatctg