Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGCAGAGTGAGTGCAGAGAGATGGCTTGCAGACAGTTGTGGGCTTCAAGAGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcctccttcctctttttcttcttctttctatgatacgttttttcttttcctttgctttgtttcattgatcatttacgctggttttgtcgtcacg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G02410.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192296552|gb|FG992343.1|FG992343
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|298180425|gb|HO021978.1|HO021978
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|298173466|gb|HO016802.1|HO016802
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|298176557|gb|HO023144.1|HO023144
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|208094976|gb|GD892839.1|GD892839
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|151402360|gb|EV272173.1|EV272173
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|18724033|gb|BM523536.1|BM523536
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|15662037|gb|BI699408.1|BI699408
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|192329128|gb|FK019743.1|FK019743
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|192296145|gb|FG989025.1|FG989025
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|13787243|gb|BG649835.1|BG649835
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|192326214|gb|FK016301.1|FK016301
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|151401723|gb|EV271536.1|EV271536
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|151409130|gb|EV278938.1|EV278938
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGGGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|298178070|gb|HO027453.1|HO027453
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|193560930|gb|FK522015.1|FK522015
EST:     AAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|192328595|gb|FK020799.1|FK020799
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|6746878|gb|AW317334.1|AW317334
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACACAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|4291120|gb|AI437574.1|AI437574
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|151398516|gb|EV268387.1|EV268387
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|151411293|gb|EV281104.1|EV281104
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|298183887|gb|HO029100.1|HO029100
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|193313764|gb|FK282953.1|FK282953
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
EST: gi|298165534|gb|HO011583.1|HO011583
EST:     AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACG                         TTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG
genomic: AGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcct ... acacctacagTTTTGAATGATCTGAAGTATGCTGATTCTCATGAGTGGGTGAAGGTTGATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAGCAGAGTGAGTGCAGAGAGATGGCTTGCAGACAGTTGTGGGCTTCAAGAGCTGCTTCCTACCTCAGGATCTCCGTGTTTCACAGAAGCTTCTCTAACGgtaatctcctccttcctctttttcttcttctttctatgatacgttttttcttttcctttgctttgtttcattgatcatttacgctggttttgtcgtcacg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctcctcc