1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...aaatataatggaattatgattgtggagtttgagaagcttaggagattagttggtggttaatttatgcatgagcttgaattttggaaaacttgatatgcagACGGCTTATTAGTTCATGGCAAAGTCAAGGCAGAAGTTTTCAAACCAGGATTCTTCGTTGTCGCCTACTGCTGCAAGATCAAGGGAGTGGGATGGACCAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G02370.4 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttagttggtggttaatttatgcatgagcttgaattttggaaaacttgatatgcagACGGCTTATTAGTTCATGGCAAAGTCAAGGCAGAAGTTTTCAAACCAGGATTCTTCGTTGTCGCCTACTGCTGCAAGATCAAGGGAGTGGGATGGACCAT
ttaatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaatataatggaattatgattgtggagtttgagaagcttaggagattagttggtggttaatttatgcatgagcttgaattttggaaaacttgatatgcagACGGCTTATTAGTTCATGGCAAAGTCAAGGCAGAAGTTTTCAAACCAGGATTCTTCGTTGTCGCCTACTGCTGCAAGATCAAGGGAGTGGGATGGACCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
aaatataa
- - - - - - - - -gattgtg
- - - - - - - - - - - - gagtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggtggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggaaaac