Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCCATTCGAAAATGTGCCAGGGTTCAACTCATCAAAAATGGGAAGAAGATTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagttaaattgatcatgttatttatattattttgctgctattggtgatgctgtttttgcctatgctcaatataccataaaatgtggaaggacaattttttgagttgctttataatacggggtgtggttgatgtttgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G36250.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14999308|gb|BI320308.1|BI320308
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|6724746|gb|AW309145.1|AW309145
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|214006941|gb|DB987739.1|DB987739
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|207716381|gb|GD699409.1|GD699409
EST:     AATGATGGTTGTCTTAAATTTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: AATGATGGTTG-CTTAAA-TTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|208208904|gb|GE003454.1|GE003454
EST:     AATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: AATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|20814764|gb|BQ299242.1|BQ299242
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|7590629|gb|AW706377.1|AW706377
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|31458935|gb|CD400963.1|CD400963
EST:     TGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|7639255|gb|AW733582.1|AW733582
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
EST: gi|6746983|gb|AW317439.1|AW317439
EST:     TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAAT                         GATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT
genomic: TTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagtt ... atgtttgtagGATGAAGTCTTGATAGCTGGATTTGGACGAAAGGGTCATGCCGTGGGTGAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCCATTCGAAAATGTGCCAGGGTTCAACTCATCAAAAATGGGAAGAAGATTGCTGCATTCGTGCCAAATGATGGTTGCTTAAATTACATTGAAGAGAATgtaagaagttaaattgatcatgttatttatattattttgctgctattggtgatgctgtttttgcctatgctcaatataccataaaatgtggaaggacaattttttgagttgctttataatacggggtgtggttgatgtttgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA