1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...gatgtgatccaggactatcttcaatgtttaagggtatgaccagaatatcctttgacaccaacatcactttgtttcaaactaaataactaatgtattgcagGTACAAACCCAATGACTACTATCTAGAAGAACTGATTGAGGAGTGGTGTGAAGGAGTAATACAAAATAACAGAGAGAAGCAAGGAGAATTTTCTTCCAGC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G36140.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATGAGGTGCAACAATGCCTGGCTATATACCAGGATATGCGAAAGGCAGG GTACAAACCCAATGACTACTATCTAGAAGAACTGATTGAGGAGTGGTGTGAEST: gi|9902238|gb|BE611206.1|BE611206
genomic: CATGAGGTGCAACAATGCCTGGCTATATACCAGGATATGCGAAAGGCAGGgtatgttagc ... tgtattgcagGTACAAACCCAATGACTACTATCTAGAAGAACTGATTGAGGAGTGGTGTGA
EST: CATGAGGTGCAACAATGCCTGGCTATATACCAGGATATGCGAAAGGCAGG GTACAAACCCAATGACTACTATCTAGAAGAACTGATTGAGGAGTGGTGTGAEST: gi|7796307|gb|AW781704.1|AW781704
genomic: CATGAGGTGCAACAATGCCTGGCTATATACCAGGATATGCGAAAGGCAGGgtatgttagc ... tgtattgcagGTACAAACCCAATGACTACTATCTAGAAGAACTGATTGAGGAGTGGTGTGA
EST: CATGAGGTGCAACAATGCCTGGCTATATACCAGGATATGCGAAAGGCAGG GTACAAACCCAATGACTACTATCTAGAAGAACTGATTGAGGAGTGGTGTGA
genomic: CATGAGGTGCAACAATGCCTGGCTATATACCAGGATATGCGAAAGGCAGGgtatgttagc ... tgtattgcagGTACAAACCCAATGACTACTATCTAGAAGAACTGATTGAGGAGTGGTGTGA
tatcctttgacaccaacatcactttgtttcaaactaaataactaatgtattgcagGTACAAACCCAATGACTACTATCTAGAAGAACTGATTGAGGAGTGGTGTGAAGGAGTAATACAAAATAACAGAGAGAAGCAAGGAGAATTTTCTTCCAGC
aactaat putative branch site (score: 2)
aaactaaataactaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gatgtgatccaggactatcttcaatgtttaagggtatgaccagaatatcctttgacaccaacatcactttgtttcaaactaaataactaatgtattgcagGTACAAACCCAATGACTACTATCTAGAAGAACTGATTGAGGAGTGGTGTGAAGGAGTAATACAAAATAACAGAGAGAAGCAAGGAGAATTTTCTTCCAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - ccaggac
- - - - - - - - - - -caatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - ggtatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcctttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caccaac