Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggagtttgtgtgagatcagagtgtgatcttacttgttggtcttgtttcttgtgttaaatggtatgtgtggtgtttgattgggtgtgacttcaaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCAGGATTGCAAGTGCTGCCAATGCTATTGTTTAAGCTAGGATTTTAGTTTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G35110.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G35110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv05s0049g01790.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
ggagtttgtgtgagatcagagtgtgatcttacttgt-tggtcttgtttcttgtgttaaatggtatgtgtggtgtttgattgggtgtgactt--caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCAGGATTGCAAGTGCTGCCAATGCTATTGTTTAAGCTAGGATTTTAGTTTT----
  |   |   |  |     |     || || | |   |  |  || |  | |   |  |||||   | |  |  ||   ||| |||   ||    | || ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| |||||||||    | | |||| ||      
--atcctacctttgtggtaaagaaaattttgcatacataattatgatattggaaatggatggttaatatttttcttt-ctggttgttgattggtgatttttagGTTCGGCTATTACTGGTCCAATTGGTAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCAGGATTGCCAGCGCAGCAAATGCCATTGTTTAA----GAACTTTAATTACCGTA

upper sequence: GLYMA19G35110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S73_232V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
---------------------------------ggagtttgtgtgagatcagagtgtgatcttacttgttggtcttgtttcttgtgttaaatggtatgtgtggtgtttgattgggtgtgacttcaaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCAGGATTGCAAGTGCTGCCAATGCTATTGTTT-AAGCTAGGATTTTAGTTTT
                                   | | | ||||| ||  ||  |  | | ||   |  |   |  | | ||   | ||    |   ||   |||    |    | ||  ||    ||| ||| || ||||| ||||| |||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||| ||| |    ||  ||  | 
gtaatttattactatcacgtcgttggactcaaactattctttgtga-atgggatcggcagcataagcggcgagttgatgtttt-catgaatatattcctgacctgtcgagtgccctctggtttt---ttgcagGGTCCGCTATTACTGGACCAATTGGGAAGGAATGCGCAGATTTGTGGCCCAGGATTGCTAGTGCCGCCAACGCCATTGTTTGAAGGTTTACTTCGAGAGT-

upper sequence: GLYMA19G35110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S280_69V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
-------------------------------------------------------------------------------ggagtttgtgtgagatcagagtgtgatcttacttgttggtcttgtttcttgtgttaaatggtatgtg--tggtgtttgattg---ggtgtgacttcaaatt--gtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCAGGATTGCAAGTGCTGCCAATGCTATTGTTTAAG--CTAGGATTTTAGTTTT
                                                                               ||    | | ||  |||  |   || |||||   |   ||  ||    || ||     ||| ||| |  |  || || | ||   ||| |     ||| ||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| | ||  | |   || || |   
gtacgcagatatttccctcaaatatctttgacgtcagattcgttttagcaaaagatccagttagcgaatgagaatgattggcagatatatgtcatcgtatgttgttcttatcggaatgttgtgcacgttatgacttttgggatgagcctactgatttactgataggttttttggcaacttttgcagGTTCTGCTATCACTGGTCCTATTGGGAAGGAGTGCGCCGATTTGTGGCCTAGGATTGCTAGTGCTGCCAATGCCATTGTCTGAGGGCAATAGTTGTAATA--

upper sequence: GLYMA19G35110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S16_112V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
-------------------------------------------------------------ggagtttgtgtgagatcaga--gtgtgatctta--cttg--ttggtcttgtttcttgtgttaaatggtatgtgtggtgtttgattgggtgtgacttcaaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCAGGATTGCAAGTGCTGCCAATGCTATTGTTTAAGC-TAGGATTTTAGTTTT
                                                                 ||||  | | | | ||  |     |||||  || |  ||  | ||  || || | ||   |  | | | |     || |||  ||     ||     |  ||||||||| || || ||||||||||| ||||| || || ||| ||||||||||||| || |||||||| || || ||||||| ||  ||        | || 
gtgagtgctctagtccttttggttcatagattgtgaatgtgtatctcgattcgtcatattatttatttgcataaaagctgaaggcacactcttaaactcggtttattttttatttttttattttttattttttttttaacttaattttgttctttttgtgtcttcagGTTCTGCCATTACAGGTCCAATTGGAAAGGAATGCGCAGATTTGTGGCCCAGGATCGCTAGTGCTGCGAACGCCATTGTTTGAGTGTACTCACGCGGATT-

upper sequence: GLYMA19G35110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S15_152V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
---------------------------------------------------------------------------ggagtttgtgtgagatcagag--tgtgatcttacttgttggtcttgtt--tcttgtgtt-------aaatggtatgtgtggtgtttgattgggt--gtgactt---caaattgt--agGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCAGGATTGCAAGTGCTGCCAATGCTATTGTTTAAGC-TAGGATTTTAGTTTT
                                                                           |     |   |||  | | ||  |    || || || || ||        ||||||  |       |  || |  |  ||| |||||||        ||  ||   ||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||  ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | ||   |  | ||  |  | 
gtaatctcacttacatctatttgattttaggaaatacattcagttggtctgttctgtgaaatctgtcttacagtagttacctacttgattttaaagattacagtcatatttttttgttcaaccactcttgtactcatgtgaagttgttgggactggagtttgatcaaaccaatgtttttggcaacttgtgcagGTTCTGCTATCACTGGTCCCATTGGAAAAGAGTGTGCCGACTTGTGGCCTAGGATTGCCAGTGCTGCTAATGCTATTGTATGAGTGCAATAGTTGCGCAT-

upper sequence: GLYMA19G35110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S62_136V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
------------------------------ggagtttgtg---tgagatcagagt-gtgatcttacttgttggtcttgtttcttgtgttaaatggtatgtgtggtgtttgattgggtgtgacttcaaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCAGGATTGCAAGTGCTGCCAATGCTATTGTTTAAGCTAGGATTTTAGTTTT
                              | ||| ||     || |||  |  | | |        | | | | |    |   | ||  | ||| |    || ||   | ||| | |||  |  ||  || ||||||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||  ||||||| |||||||| || |||||||| || ||||||| ||   | | ||| |   |
gtgagtgtatgcagccggtgcattgatggtgcagtctgcagattgggatgggcctagggggggggggtatagctgtaaggtggagggtggattggcagagctgatgag-ggttgtgcgtggttgtaatgtgcagGTTCTGCCATCACTGGACCGATCGGGAAGGAGTGCGCAGACTTGTGGCCGAGGATTGCGAGCGCTGCCAACGCGATTGTTTGAGAGGGTAGTTTGGGAGT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298163047|gb|HO011780.1|HO011780
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|4436958|gb|AI522823.1|AI522823
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|209716690|gb|BW679559.1|BW679559
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|31306545|gb|CD391748.1|CD391748
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCCATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|193545626|gb|FK500801.1|FK500801
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|207789024|gb|GD759364.1|GD759364
EST:     CTTCGAAGATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: CTTCGAAGATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|208224016|gb|GE022573.1|GE022573
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAAGTAGTGCTGAT
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGA-GT-GTGCTGAT
EST: gi|151408702|gb|EV278510.1|EV278510
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|193630134|gb|FK585303.1|FK585303
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|208191218|gb|GD991964.1|GD991964
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|6847037|gb|AW349327.1|AW349327
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|31467437|gb|CD409465.1|CD409465
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|17024036|gb|BM095070.1|BM095070
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|13790234|gb|BG652825.1|BG652825
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|18709609|gb|BM522450.1|BM522450
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGGCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|193432117|gb|FK393859.1|FK393859
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTAGATCTGTGG
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCT-GATCTGTGG
EST: gi|193420469|gb|FK390476.1|FK390476
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|208079518|gb|GD875762.1|GD875762
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTAGAATAACTGTGG
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCT-GA-T--CTGTGG
EST: gi|208037640|gb|GD833610.1|GD833610
EST:     GAAGATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: GAAGATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|213600521|gb|DB960069.1|DB960069
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|15285255|gb|BI469146.1|BI469146
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|193354097|gb|FK320761.1|FK320761
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|207785872|gb|GD755269.1|GD755269
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCTCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|9258970|gb|BE347117.1|BE347117
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|7041753|gb|AW471647.1|AW471647
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|58022212|gb|CX708953.1|CX708953
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|18038830|gb|BM307124.1|BM307124
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|298168806|gb|HO009736.1|HO009736
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|37994019|gb|CF805765.1|CF805765
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|6072945|gb|AW102332.1|AW102332
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|254330372|gb|GR841637.1|GR841637
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|208167811|gb|GD959975.1|GD959975
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|208065743|gb|GD864310.1|GD864310
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCA
EST: gi|58019098|gb|CX705840.1|CX705840
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|6847058|gb|AW349348.1|AW349348
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|4314113|gb|AI461232.1|AI461232
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|5688046|gb|AI941061.1|AI941061
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|209716691|gb|BW679560.1|BW679560
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|21887279|gb|BQ740492.1|BQ740492
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|254335711|gb|GR847239.1|GR847239
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|21594817|gb|BQ610277.1|BQ610277
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|193648929|gb|FK597480.1|FK597480
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|31311053|gb|CD396256.1|CD396256
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|208131620|gb|GD926851.1|GD926851
EST:     CTTCGAAGATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: CTTCGAAGATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|193372134|gb|FK334259.1|FK334259
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|298171807|gb|HO021399.1|HO021399
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|193494642|gb|FK458892.1|FK458892
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAA
EST: gi|193460550|gb|FK427991.1|FK427991
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|192315325|gb|FK009183.1|FK009183
EST:     ATAATGCTGGTGTTATTGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|12773299|gb|BG238226.1|BG238226
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|193667771|gb|FK610191.1|FK610191
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAACCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCT
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCT
EST: gi|31475841|gb|CD417869.1|CD417869
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTCCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|193365772|gb|FK330697.1|FK330697
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGGAAGG
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGG-AAGG
EST: gi|7041656|gb|AW471608.1|AW471608
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|254335712|gb|GR847240.1|GR847240
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTTTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|17963558|gb|BM270306.1|BM270306
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|5510273|gb|AI856657.1|AI856657
EST:     CGAAGAATAATGTTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: CGAAG-ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|207822377|gb|GD796510.1|GD796510
EST:     CGAAGAATAATGTTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: CGAAG-ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|20812049|gb|BQ296527.1|BQ296527
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGATTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
EST: gi|193412693|gb|FK376916.1|FK376916
EST:     ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAG                         GTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA
genomic: ATAATGCTGGTGTTATCGTGAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGgtatggaatg ... caaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcttgtgttaaatggtatgtgtggtgtttgattgggtgtgacttcaaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCAGGATTGCAAGTGCTGCCAATGCTATTGTTTAAGCTAGGATTTTAGTTTT
                          gtttgat  putative branch site (score: 5)
      tgttaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggagtttgtgtgagatcagagtgtgatcttacttgttggtcttgtttcttgtgttaaatggtatgtgtggtgtttgattgggtgtgacttcaaattgtagGTTCTGCTATCACTGGTCCAATTGGGAAGGAGTGTGCTGATCTGTGGCCCAGGATTGCAAGTGCTGCCAATGCTATTGTTTAAGCTAGGATTTTAGTTTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - tgtgtga
- - - - - - - - - gagtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - -cttgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggtgtg