Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtatttttttattttgtgaaaaatttgttcacattttgactttgccttaaagttgtgtatttatttgaattggtgcatttttatttttgtggcatgcttgtgaagGCTTGCTAAGATGTGGAAAGAGCTGCAGATTGAGATGGATTAATTATCTGAGGCCAGACCTCAAGAGAGGTGGATTTACTGAAATGGAAGAGGATCAAAT
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G07830.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA19G07830.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv14s0219g00050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
------------gtatttttttattttgtgaaaaatttgttca-----cattttgactttgccttaaa--gttgtgtatttatttgaattggtgcatttttatttttgtg-gcatgct--tgtgaagGCTTGCTAAGATGTGGAAAGAGCTGCAGATTGAGATGGATTAATTATCTGAGGCCAGACCTCAAGAGAGGTGGATTTACTGAAATGGAAGAGGATCAAAT
| ||| | ||| | | | |||| | | ||| | ||| || | | | ||| || || || || || ||| ||| | ||| | ||| |||| ||| | |||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| || || |||||||| | | | | ||| |||||||| |||| ||
gtttctctcctgatctttctctatacagcttatagtttgattgatattcctttaaaagttggctgagatgatggtgatgttgttgatgatgatgatcacttctttgtgtatgtatggtgatgtcaagGATTGTTGAGATGTGGAAAGAGTTGCAGACTAAGATGGATCAATTATCTGAGGCCGGATCTTAAGAGAGGCGCACTATCAGAAGTGGAAGAGAATCAGATMapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|192308562|gb|FK002458.1|FK002458EST: CATCCTCAATAATGGTATTCACTGCTGGAGAACAGTTCCTAAGCTAGCAG GCTTGCTAAGATGTGGAAAGAGCTGCAGATTGAGATGGATTAATTATCTGA
genomic: CATCCTCAATAATGGTATTCACTGCTGGAGAACAGTTCCTAAGCTAGCAGgtattttttt ... gcttgtgaagGCTTGCTAAGATGTGGAAAGAGCTGCAGATTGAGATGGATTAATTATCTGA
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.agttgtgtatttatttgaattggtgcatttttatttttgtggcatgcttgtgaagGCTTGCTAAGATGTGGAAAGAGCTGCAGATTGAGATGGATTAATTATCTGAGGCCAGACCTCAAGAGAGGTGGATTTACTGAAATGGAAGAGGATCAAAT
tgtatttatttgaatt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtatttttttattttgtgaaaaatttgttcacattttgactttgccttaaagttgtgtatttatttgaattggtgcatttttatttttgtggcatgcttgtgaagGCTTGCTAAGATGTGGAAAGAGCTGCAGATTGAGATGGATTAATTATCTGAGGCCAGACCTCAAGAGAGGTGGATTTACTGAAATGGAAGAGGATCAAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT