1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...caattaagagtgttagaaagagtgtagctagcatttctcatctattaatttcccttaagatgcctaagtttcgttttgctttgtgttttgagtctttcagCTCTCATATCAAATAGTTGATGCTTTAATCTGGCTTGGAATACGAGACTTGATAAATGAGTTTAGGAAGAAAGAGCTGAAGCTAAAGCCTATTACTTATC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G47490.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
taatttcccttaagatgcctaagtttcgttttgctttgtgttttgagtctttcagCTCTCATATCAAATAGTTGATGCTTTAATCTGGCTTGGAATACGAGACTTGATAAATGAGTTTAGGAAGAAAGAGCTGAAGCTAAAGCCTATTACTTATC
tattaat putative branch site (score: 2)
tctttc putative PPT
ttaagat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caattaagagtgttagaaagagtgtagctagcatttctcatctattaatttcccttaagatgcctaagtttcgttttgctttgtgttttgagtctttcagCTCTCATATCAAATAGTTGATGCTTTAATCTGGCTTGGAATACGAGACTTGATAAATGAGTTTAGGAAGAAAGAGCTGAAGCTAAAGCCTATTACTTATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - -gagtgtt
- - - - - - - - - - - - - - - gcatttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cccttaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatgcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttttg