Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAGTGGTTGTTAGTATCGATCCCCGTAGAGTGTATGTAAAGGATCCTAATGATGTGCAATTGAAGACCATAAGGGTTTCAAGTCCAGgtgaagagcttgtttttttttctttttctttattttatattttatggctctgagttatctaaattcttactctaataagagtctaattaataaagaggca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G10460.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193431276|gb|FK394642.1|FK394642
EST:     AAAGGATCCTAATGATGTGCAATTGAAGACCATAAGGGTTTCAAGTCCAG                         GTTCAAATGGAGAGGAATATGCATGGTATCAATGTACA
genomic: AAAGGATCCTAATGATGTGCAATTGAAGACCATAAGGGTTTCAAGTCCAGgtgaagagct ... ttgctttcagGTTCAAATGGAGAGGAATATGCATGGTATCAATGTACA
EST: gi|12774195|gb|BG239122.1|BG239122
EST:     AAAGGATCCTAATGATGTGCAATTGAAGACCATAAGGGTTTCAAGTCCAG                         GTTCAAATGGAGAGGAATATGCATGGTATCAATGTACA
genomic: AAAGGATCCTAATGATGTGCAATTGAAGACCATAAGGGTTTCAAGTCCAGgtgaagagct ... ttgctttcagGTTCAAATGGAGAGGAATATGCATGGTATCAATGTACA
EST: gi|193347635|gb|FK312695.1|FK312695
EST:     AAAGGATCCTAATGATGTGCAATTGAAGACCATAAGGGTTTCAAGTCCAG                         GTTCAAATGGAGAGGAATATGCATGGTATCAATGTACA
genomic: AAAGGATCCTAATGATGTGCAATTGAAGACCATAAGGGTTTCAAGTCCAGgtgaagagct ... ttgctttcagGTTCAAATGGAGAGGAATATGCATGGTATCAATGTACA
EST: gi|192330041|gb|FK020857.1|FK020857
EST:     AAAGGATCCTAATGATGTGCAATTGAAGACCATAAGGGTTTCAAGTCCAG                         GTTCAAATGGAGAGGAATATGCATGGTATCAATGTACA
genomic: AAAGGATCCTAATGATGTGCAATTGAAGACCATAAGGGTTTCAAGTCCAGgtgaagagct ... ttgctttcagGTTCAAATGGAGAGGAATATGCATGGTATCAATGTACA
EST: gi|151396581|gb|EV266458.1|EV266458
EST:     AAAGGATCCTAATGATGTGCAATTGAAGACCATAAGGGTTTCAAGTCCAG                         GTTCAAATGGAGAGGAATATGCATGGTATCAATGTACA
genomic: AAAGGATCCTAATGATGTGCAATTGAAGACCATAAGGGTTTCAAGTCCAGgtgaagagct ... ttgctttcagGTTCAAATGGAGAGGAATATGCATGGTATCAATGTACA
EST: gi|193344244|gb|FK313656.1|FK313656
EST:     AAAGGATCCTAATGATGTGCAATTGAAGACCATAAGGGTTTCAAGTCCAG                         GTTCAAAATGGAGAGGAATATGCATGGTATCAATGTACA
genomic: AAAGGATCCTAATGATGTGCAATTGAAGACCATAAGGGTTTCAAGTCCAGgtgaagagct ... ttgctttcagGTTC-AAATGGAGAGGAATATGCATGGTATCAATGTACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCAGTGGTTGTTAGTATCGATCCCCGTAGAGTGTATGTAAAGGATCCTAATGATGTGCAATTGAAGACCATAAGGGTTTCAAGTCCAGgtgaagagcttgtttttttttctttttctttattttatattttatggctctgagttatctaaattcttactctaataagagtctaattaataaagaggca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA