1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...acaagtgttggatggatgattacaacatggaaaaaaatacaatgaaattctgacaacaaggacttccataacaacttcgagtgtcatgcatggatcacagTGTCTCAATCCTACACTGTAGAAGAATTGCTGAAGGATACGTTGCACAAGCTATGCAAAGAAAAATTGGAGACACCTCTTCACAATGATTCATTGATAGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G09710.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aattctgacaacaaggacttccataacaacttcgagtgtcatgcatggatcacagTGTCTCAATCCTACACTGTAGAAGAATTGCTGAAGGATACGTTGCACAAGCTATGCAAAGAAAAATTGGAGACACCTCTTCACAATGATTCATTGATAGA
ataacaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acaagtgttggatggatgattacaacatggaaaaaaatacaatgaaattctgacaacaaggacttccataacaacttcgagtgtcatgcatggatcacagTGTCTCAATCCTACACTGTAGAAGAATTGCTGAAGGATACGTTGCACAAGCTATGCAAAGAAAAATTGGAGACACCTCTTCACAATGATTCATTGATAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - gtgttgg
- - - - - - tggatga
- - - - - - - - - - - caacatg
- - - - - - - - - - - - - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttctgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caacttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatgca