Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caaacaacaaatcaatcttataagtaatcttgtgtcactttattcttgatattgacataacattaagatgtaatattatgggttggaaatttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGGACAGGTGCATGAAGTTCTGCGGGATTTGCTGCAGCAAGTGCAACTGTGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G35530.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31310966|gb|CD396169.1|CD396169
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|192298725|gb|FG990991.1|FG990991
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|33389319|gb|CA852526.1|CA852526
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|22541176|gb|BU091019.1|BU091019
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|8825777|gb|BE209507.1|BE209507
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|31469487|gb|CD411515.1|CD411515
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|151394855|gb|EV264726.1|EV264726
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|16106048|gb|BI893788.1|BI893788
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCTTTTTTCTTTGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|192293984|gb|FG987153.1|FG987153
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|22525724|gb|BU084535.1|BU084535
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|31309672|gb|CD394875.1|CD394875
EST:     CCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: CCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|10233204|gb|BE802092.1|BE802092
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCAAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|7146235|gb|AW508089.1|AW508089
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAACG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|192299919|gb|FG991793.1|FG991793
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|7030143|gb|AW459926.1|AW459926
EST:     ATGCCTTGTACTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|58018771|gb|CX705513.1|CX705513
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|208309892|gb|GE105140.1|GE105140
EST:     TTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: TTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|16105107|gb|BI892847.1|BI892847
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTTCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|11274894|gb|BF325228.1|BF325228
EST:     TGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGACTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAG
genomic: TGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGG-CTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAG
EST: gi|15814360|gb|BI786635.1|BI786635
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|31459981|gb|CD402009.1|CD402009
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|192324100|gb|FK019391.1|FK019391
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|207766422|gb|GD736510.1|GD736510
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|298166900|gb|HO010339.1|HO010339
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGATGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|151397687|gb|EV267560.1|EV267560
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|193660431|gb|FK604349.1|FK604349
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|10846229|gb|BF069168.1|BF069168
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGATCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|208202997|gb|GD999319.1|GD999319
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|7693266|gb|AW761361.1|AW761361
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|7283738|gb|AW596342.1|AW596342
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|31466770|gb|CD408798.1|CD408798
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGC-TCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAG
EST: gi|42722477|gb|CK768376.1|CK768376
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|6666039|gb|AW277498.1|AW277498
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|46492897|gb|CN472453.1|CN472453
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|208226850|gb|GE021963.1|GE021963
EST:     TGGCTGGTTCTG                         T
genomic: TGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcag-
EST: gi|208226850|gb|GE021963.1|GE021963
EST:     TGGCTGGTTCTG                         T
genomic: TGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcag-
EST: gi|7146920|gb|AW508842.1|AW508842
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|58022435|gb|CX709176.1|CX709176
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|14991226|gb|BI316899.1|BI316899
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCCAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|20813397|gb|BQ297875.1|BQ297875
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGATCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGTGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|193684108|gb|FK622644.1|FK622644
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAG
EST: gi|151393961|gb|EV263832.1|EV263832
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|27809198|gb|CB063620.1|CB063620
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|6915366|gb|AW396896.1|AW396896
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|151396123|gb|EV266000.1|EV266000
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGGGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|16347881|gb|BI973476.1|BI973476
EST:     TGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCNTT-TTCTAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: TGCCTTGTCCTCAGCTCCTCC-TTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
EST: gi|5510446|gb|AI856830.1|AI856830
EST:     ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTG                         CTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG
genomic: ATGCCTTGTCCTCAGCTCCTCCTTGTTCGAGGTGTCAATGGCTGGTTCTGgtatgcctta ... ttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgatattgacataacattaagatgtaatattatgggttggaaatttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGGACAGGTGCATGAAGTTCTGCGGGATTTGCTGCAGCAAGTGCAACTGTGT
           ataacattaagatgta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
caaacaacaaatcaatcttataagtaatcttgtgtcactttattcttgatattgacataacattaagatgtaatattatgggttggaaatttggaatcagCTTTCTGTTCCTCCAAGTGCTCGAAGAGGTGTTCTAGAGCTGGGATGAAGGACAGGTGCATGAAGTTCTGCGGGATTTGCTGCAGCAAGTGCAACTGTGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- aacaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - tgtcact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggttgg