Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cacattcttcatgtcatgttggtccaaaattatcaatttgtgcctaattttcaaaagatgtatgttcaaatgttcaattatcattggttcatgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAATCTCCACAAGACATTTTGCATCCCTCATGGAGGAGGTGGCCCTGGCATGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G34690.2
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G34690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os06g40940.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
cacattcttcatgtcatgttggtccaaaattatcaatttgtgcctaattttcaaaagatgtatgttcaaatgttcaattatcattggtt-catgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAATCTCCACAAGACATTTTGCATCCCTCATGGAGGAGGTGGCCCTGGCATGG
  || |    |  |  ||||     ||  | |  ||       ||      | ||| || |    |  | |    || || ||   |||   | ||||||||| ||| | |||||||| || |  || ||||||||||| ||||| || || || ||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||
-ccaattgagaacttctgttatcgtaatttcaaaaaaccccatctgtcgagccaaaaatattcaatacactccctaactaacagaagttgtctttttacagGTCGGATTGACAAGCCCTGGCTTTATTGGAGCAGATGTTTGCCACCTTAACCTTCACAAGACATTCTGCATTCCACATGGTGGGGGTGGTCCTGGAATGG

upper sequence: GLYMA17G34690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os01g51410.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
cacattcttcatgtcatgttggtccaaaattatcaatttgtgcctaattttcaaaagatgtatgttcaaatgttcaattatcattggtt-catgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAATCTCCACAAGACATTTTGCATCCCTCATGGAGGAGGTGGCCCTGGCATGG
  || |    |  |  ||||     ||  | |   |       ||      | ||| || |    |  | |    || || ||   |||   | ||||||||| ||| | |||||||| || |  || ||||||||||| ||||| || || || ||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||
-ccaattgagaacttctgttatagtaatttcaaacaaccccatctgtcgagccaaaaatattcaatacactccctaactaacagaagttgtctttttacagGTCGGATTGACAAGCCCTGGCTTTATTGGAGCAGATGTTTGCCACCTTAACCTTCACAAGACATTCTGCATTCCACATGGTGGGGGTGGTCCTGGAATGG

upper sequence: GLYMA17G34690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT4G33010.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
cacattcttcatgtcatgttggtccaaaattatcaatttgtgcctaattttcaaaagatgtatgttcaaatgttcaattatcattggttcatgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAATCTCCACAAGACATTTTGCATCCCTCATGGAGGAGGTGGCCCTGGCATGG
          || || |  |    || ||     |  |  ||   |||||||   |     || |  ||  |    ||  |  | ||| | |||    |||| ||  | || ||||| ||||  || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| ||||| ||||| ||||
-----gtgaaatatcttactaaaacagaacacagagatcttg---aattttctcta-----atttgtaagagc---atggtgttgggtacgtgt----agGTTGGTTTGACGAGCCCTGGTTTTATTGGAGCGGATGTGTGCCATCTCAATCTCCACAAGACCTTCTGTATTCCTCATGGAGGTGGTGGTCCTGGTATGG

upper sequence: GLYMA17G34690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT2G26080.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 8
cacattcttcatgtcatgttggtccaaaattatcaatttgtgcctaattttcaaaagatgtatgttcaaatgttcaattatcattggttcatgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAATCTCCACAAGACATTTTGCATCCCTCATGGAGGAGGTGGCCCTGGCATGG
                | | | | |     |   |  |||     |   | |||||| |||   ||  |       |   |  ||||       || ||||||||  | |||||||| ||||  || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| || || || || ||||
---------------gtatggtttctctgctggtatgttgactgaagaatccaaaagttgtgaatttga------gaaagtttttgga----acttccagGTGGGTTTGACAAGCCCTGGTTTTATTGGAGCGGATGTTTGCCATCTCAATCTCCACAAGACCTTCTGTATCCCTCACGGAGGTGGAGGTCCCGGAATGG

upper sequence: GLYMA17G34690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv04s0008g01300.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
cacattcttcatgtcatgttggtccaaaattatcaatttgtgcctaattttcaaaag-atgtatgttcaaatgttcaattatcattggttc----atgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAATCTCCACAAGACATTTTGCATCCCTCATGGAGGAGGTGGCCCTGGCATGG
    |||||  |    |     |      ||   |||   ||  || |  ||    | || ||   |||    ||||||| | |     ||     | |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||
----ttcttttttcttttccatttttctttttataatccatgtatattcctcctgggcatttactatcag-cattcaattctgagaaaatctttggtctttacagGTGGGTCTCACAAGCCCAGGTTGGATTGGAGCTGATGTTTGCCATCTAAATCTCCACAAAACATTTTGCATTCCCCATGGTGGAGGTGGTCCTGGCATGG

upper sequence: GLYMA17G34690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv11s0016g02280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
cacattcttca---tgtca-tgttggtccaaaattatca-atttgtgcctaattttcaaaagatgtatgttcaaatgttcaattatcattggttcatgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAATCTCCACAAGACATTTTGCATCCCTCATGGAGGAGGTGGCCCTGGCATGG
  |||| | ||   | ||| | |  |      || | || |||| |||  | |||||     |  |   ||  ||   | |   || ||| |||  |  |||||||| ||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||
--cattatacagagtatcaatttctgctgtgtatcaccatatttttgctcatttttcctgtaactttatttttaacactga--cattatttgtt-gtcattacagGTTGGTTTGACAAGCCCAGGTTGGATTGGAGCAGATGTCTGCCATCTTAATCTTCATAAGACATTTTGCATTCCCCATGGTGGAGGTGGTCCAGGCATGG

upper sequence: GLYMA17G34690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: EFJ10519 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 8
cacattcttcatgtcatgttggtccaaaattatcaatttgtgcctaattttcaaaagatgtatgttcaaatgttcaattatcattggttcat-gtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAATCTCCACAAGACATTTTGCATCCCTCATGGAGGAGGTGGCCCTGGCATGG
                                                      | ||  |   ||    | || |   || | |  || ||  || |||||| || || ||||| || || |  || ||||||||||| || ||  | ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| || ||||
----------------------------------------------------gtatgacttgctttttttttttaacaaataactaatttatcattcacagGTTGGCCTTACAAGTCCTGGATTCATCGGAGCAGATGTCTGTCACTTGAATCTCCACAAGACATTCTGTATACCTCATGGAGGTGGTGGCCCAGGAATGG

upper sequence: GLYMA17G34690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: EFJ19263 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 8
cacattcttcatgtcatgttggtccaaaattatcaatttgtgcctaattttcaaaagatgtatgttcaaatgttcaatta-tcattggttcat-gtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAATCTCCACAAGACATTTTGCATCCCTCATGGAGGAGGTGGCCCTGGCATGG
                                                      | ||  | | ||    | || ||  | | | |  || ||  || |||||| || || ||||| || || |  || ||||||||||| || ||  | ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| || ||||
----------------------------------------------------gtatgacttgtttttttttttttaacaaataactaatttatcattcacagGTTGGCCTTACAAGTCCTGGATTCATCGGAGCAGATGTCTGTCACTTGAATCTCCACAAGACATTCTGTATACCTCATGGAGGTGGTGGCCCAGGAATGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|20448765|gb|BQ252889.1|BQ252889
EST:     ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAG                         GTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
genomic: ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAGgtttgttttt ... atgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
EST: gi|16276767|gb|BI942033.1|BI942033
EST:     ATGATTATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAG                         GTGGAACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
genomic: ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAGgtttgttttt ... atgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
EST: gi|17519697|gb|BM188739.1|BM188739
EST:     ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAG                         GTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
genomic: ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAGgtttgttttt ... atgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
EST: gi|209717715|gb|BW671533.1|BW671533
EST:     ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAG                         GTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
genomic: ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAGgtttgttttt ... atgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
EST: gi|209728382|gb|BW652039.1|BW652039
EST:     ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAG                         GTGGGACTCCACCAAGCC-AGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCA
genomic: ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAGgtttgttttt ... atgtttacagGTGGGACTC-AC-AAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCA
EST: gi|120493515|gb|EH221682.1|EH221682
EST:     ATGATAATGGAGTCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAG                         GTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
genomic: ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAGgtttgttttt ... atgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
EST: gi|15589871|gb|BI674487.1|BI674487
EST:     ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAG                         GTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
genomic: ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAGgtttgttttt ... atgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
EST: gi|20812005|gb|BQ296483.1|BQ296483
EST:     ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAG                         GTGGGACTCACAAGCCCGGGTTGGATAGGAGCAGATGTTTGCCATCTCAAT
genomic: ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAGgtttgttttt ... atgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
EST: gi|16281624|gb|BI944583.1|BI944583
EST:     ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAG                         GTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
genomic: ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAGgtttgttttt ... atgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
EST: gi|192315105|gb|FK009929.1|FK009929
EST:     ATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAG                         GTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
genomic: ATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAGgtttgttttt ... atgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
EST: gi|15589745|gb|BI674361.1|BI674361
EST:     ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAG                         GTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT
genomic: ATGATAATGGAGGCCAAGTATATATGGATGGTGCCAACATGAATGCTCAGgtttgttttt ... atgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattttcaaaagatgtatgttcaaatgttcaattatcattggttcatgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAATCTCCACAAGACATTTTGCATCCCTCATGGAGGAGGTGGCCCTGGCATGG
 gcctaat  putative branch site (score: 3)
                      aaatgttcaattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cacattcttcatgtcatgttggtccaaaattatcaatttgtgcctaattttcaaaagatgtatgttcaaatgttcaattatcattggttcatgtttacagGTGGGACTCACAAGCCCAGGTTGGATAGGAGCAGATGTATGCCATCTCAATCTCCACAAGACATTTTGCATCCCTCATGGAGGAGGTGGCCCTGGCATGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG