Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...ccactccgggcagctgattgttcttcctcacaatgtggcgctgccggtgtcccttaaggtgttggagcacgaggtgtatgctgttgcgcctattaagaagGTTTTGGGTGGTGGCTACAGCTTTGCGCCTCTTGGACTTGTGAACATGTTCAATGCTGGTGCTGCTGTTGAAGGGCTGGTCTTCGAGGAGGATGGGTTGG
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G11970.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|151401749|gb|EV271562.1|EV271562EST: GCGATGGAGTTAGTCTGCTGAAAATATGGAATATGAACAAGTTGGGTGGG GTGTTGGGTGGTGGCTACAGCTTTGCGCCTCTTGGACTTGTGAACATGTTC
genomic: GCGATGGAGTTAGTCTGCTGAAAATATGGAATATGAACAAGTTGGGTGGGgtgttggggg ... tattaagaagGTTTTGGGTGGTGGCTACAGCTTTGCGCCTCTTGGACTTGTGAACATGTTC
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ggtgtcccttaaggtgttggagcacgaggtgtatgctgttgcgcctattaagaagGTTTTGGGTGGTGGCTACAGCTTTGCGCCTCTTGGACTTGTGAACATGTTCAATGCTGGTGCTGCTGTTGAAGGGCTGGTCTTCGAGGAGGATGGGTTGG
tattaagaa TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
ccactccgggcagctgattgttcttcctcacaatgtggcgctgccggtgtcccttaaggtgttggagcacgaggtgtatgctgttgcgcctattaagaagGTTTTGGGTGGTGGCTACAGCTTTGCGCCTCTTGGACTTGTGAACATGTTCAATGCTGGTGCTGCTGTTGAAGGGCTGGTCTTCGAGGAGGATGGGTTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
ccactcc
- - - - - cagctga
- - - - - - - - - - - cttcctc
- - - - - - - - - - - - - - - caatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - cgctgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatgct