Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aggctagaccgagacttttgattttgttcaatacattagtttctataacattgaaaactggcgatccaaccatttgattgaatattatggtttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCTGTTGATGCCATCTTGCAAACAAAAGACTCGGTCCTTGACAAGCTATGGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G01300.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G01300.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G109743_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
aggctagaccgagacttttgattttgttcaatacattagtttctataaca---ttgaaaac-tggcgatccaaccatt--tgattgaatattatggtttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCTGTTGATGCCATCTTGCAAACAAAAGACTCGGTCCTTGACAAGCTATGGG
    | |  |     ||| | || |||||| |   |||  | || |||     || |  || | | ||| |    | |  | ||  | |  | ||  ||||| ||||  | |||  | |||||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||  |||  |  |||  ||||| || || || || ||||| ||||
----ttgtacagtgttttagtttctgttca-tgtcttatatactgtaaggcatttaaggacgtagtgattcttgtaatagtaatcaactgat-tgtattgttgcagAGCTTTGGGCACATAGATATTCTTGTCTCCAATGCTGCCGCAAATCCTTCTGTAGATAGCATACTTGAAATGAAAGAGTCTGTTCTCGATAAGCTGTGGG

upper sequence: GLYMA17G01300.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv00s0516g00030.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
--aggctagaccgagacttttgattttgttcaatacattagtttctata-acattgaaaactggcgatccaaccatttgattgaatattatggtttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCTGTTGATGCCATCTTGCAAACAAAAGACTCGGTCCTTGACAAGCTATGGG
    ||||      || | ||  | || || |  |  ||  ||  |  | |   ||| ||  |  |        || ||| | | | || || |   || ||||| || |||   |||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||| | ||  || |||||  ||| ||||| || |||||||||||||
gtgtgctaagttt-gagtgttcttgttattaatgatgttgattcatgaagatggtgagaatagaagtgttgg--atatgagtaattgttgtgttgaattgcagAAATACGGAGCAATAGATGTGGTTGTGTCCAATGCTGCTGCCAACCCATCTGTTGATCCTATTCTGGAAACACGAGAATCGGTTCTAGACAAGCTATGGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213610998|gb|DB970925.1|DB970925
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|192297685|gb|FG989949.1|FG989949
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|192334495|gb|FK025588.1|FK025588
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|21889867|gb|BQ743080.1|BQ743080
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|151412670|gb|EV282482.1|EV282482
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|27426906|gb|CA938426.1|CA938426
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|19348737|gb|BM893269.1|BM893269
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|298165658|gb|HO008629.1|HO008629
EST:     ATGTTTCAAATGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|298171393|gb|HO016425.1|HO016425
EST:     ATGTTTCAAATGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|209721713|gb|BW682554.1|BW682554
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|298172242|gb|HO021834.1|HO021834
EST:     ATGTTTCAAATGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|298191832|gb|HO035914.1|HO035914
EST:     ATGTTTCAAATGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|298188159|gb|HO034852.1|HO034852
EST:     ATGTTTCAAATGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|209708639|gb|BW678816.1|BW678816
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|151401904|gb|EV271717.1|EV271717
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|31470742|gb|CD412770.1|CD412770
EST:     ATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|209725096|gb|BW663049.1|BW663049
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|298171783|gb|HO021375.1|HO021375
EST:     ATGTTTCAAATGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|308099226|gb|HO761404.1|HO761404
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|21285412|gb|BQ473283.1|BQ473283
EST:     ATGTTTCAAATGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|21993787|gb|BQ785315.1|BQ785315
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|298180281|gb|HO021892.1|HO021892
EST:     ATGTTTCAAATGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCC
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|254327947|gb|GR834912.1|GR834912
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|208075864|gb|GD878573.1|GD878573
EST:     TTTCAAGTGCTCAGCAAAAGGAAAGAAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: TTTCAAGTGCTCAGC-AAAGG-AAG-AATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|13480380|gb|BG509723.1|BG509723
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|213592751|gb|DB955853.1|DB955853
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|11275202|gb|BF325525.1|BF325525
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|298186690|gb|HO037323.1|HO037323
EST:     ATGTTTCAAATGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|298178739|gb|HO024474.1|HO024474
EST:     ATGTTTCAAATGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|4306218|gb|AI443873.1|AI443873
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGAATAGATGTTGT-GTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTC
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGA-TAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTC
EST: gi|192330812|gb|FK021599.1|FK021599
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGTTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|31310986|gb|CD396189.1|CD396189
EST:     ATGTTTCAAATGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
EST: gi|254327948|gb|GR834913.1|GR834913
EST:     ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAG                         AAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT
genomic: ATGTTTCAAGTGCTCAGCAAAGGAAGAATTTGATCGACAAAACTGTCCAGgtcactttca ... tttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taacattgaaaactggcgatccaaccatttgattgaatattatggtttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCTGTTGATGCCATCTTGCAAACAAAAGACTCGGTCCTTGACAAGCTATGGG
                          atttgattgaatatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aggctagaccgagacttttgattttgttcaatacattagtttctataacattgaaaactggcgatccaaccatttgattgaatattatggtttgttacagAAGTATGGAAAGATAGATGTTGTTGTGTCCAATGCTGCTGCAAATCCTTCTGTTGATGCCATCTTGCAAACAAAAGACTCGGTCCTTGACAAGCTATGGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT