Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGATGCTTTTCATGTTAATACAGTTGATACAACTGGTGCCGGTGATTCCTTTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAAgtgagtgcttagctaccatacccttaattaattgacattcacattagctacccaaatggaaatatacaaatttaactgtgattttttcctaatcttatttaattgtctcgataaaattacaattgataattgtaaggatccttttcaattgatgattgatttattattttatcttcctgcttatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G03430.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G03430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g66940.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
AGATGCTTTTCATGTTAATACA-GTTGATACAACTGGTGCCGGTGATTCCTTTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAAgtgagtgcttagctaccatacccttaattaattgacattcacattagctacccaaatggaaatatacaaatttaactg--tgattttttcctaatcttatttaattgtctcgataaaattacaattgataattgtaaggatccttttcaattgatgattgatttattattttatcttcctgcttatag
        | ||   ||   || ||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||  ||   |  |||||| | ||||    |||  | |  |  |||   |  ||  ||  | |||   |  |||  |||   ||  |||||  |||| |     || |  || ||||   |   | ||| || |   |                                                                                          
-CCCATCCTACAAAGTACAGCAAGTTGATACAACAGGTGCAGGTGATGCGTTTGTTGGTGCTCTGCTGCGAAGAATTGTCCAGGATC----CATCATCGTTGCAAgtaagttactgtcaagcactt---ttgttggtattgttat--gctacagaaataggtggttatag-ttaaactaatttgatgtttgctgactctgcag--------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA15G03430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT3G59480.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
AGATGCTTTTCATGTTAATACAGTTGATACAACTGGTGCCGGTGATTCCTTTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAAgtgagtgcttagctaccatacccttaattaattgacattcacattagctacccaaatggaaatatacaaatttaactgtgattttttcctaatcttatttaattgtctcgataaaattacaattgataattgtaaggatccttttcaattgatgattgatttattattttatcttcctgcttatag
 ||| | || |||||  || |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |  | | ||||||||| ||||| |   |  | ||||| ||   |        |||| |   || || || |  |||||     || |     |       |  | |   || ||||||  || || ||    || |  |                                                                                     
TGATCCCTTCCATGTGGATGCAGTAGATACAACTGGTGCTGGTGATTCATTTGTTGGTGCATTGCTTTGCAAGATTGTTGATGACCGTGCTGTGCTTGAGgtatat--------accaaataattcatcaaat--cattc-tgcaagtttttatagattgttttcagattcttgactgtg--ttctttcttgctttttacag------------------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19453294|gb|BM954704.1|BM954704
EST:     TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAA                         GATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
genomic: TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAAgtgagtgctt ... ctgcttatagGATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
EST: gi|208069902|gb|GD870481.1|GD870481
EST:     TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAA                         GATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
genomic: TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAAgtgagtgctt ... ctgcttatagGATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
EST: gi|207838345|gb|GD811099.1|GD811099
EST:     TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAA                         GATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
genomic: TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAAgtgagtgctt ... ctgcttatagGATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
EST: gi|26058519|gb|CA801433.1|CA801433
EST:     TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTTTTGAA                         GATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
genomic: TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAAgtgagtgctt ... ctgcttatagGATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
EST: gi|192313971|gb|FK007675.1|FK007675
EST:     TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAA                         GATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
genomic: TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAAgtgagtgctt ... ctgcttatagGATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
EST: gi|10231806|gb|BE800694.1|BE800694
EST:     TGTTGGTGCTCTATTGTNCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTTGA-                         GATGACCCAAGGGTAAGAGAAGTAACTCA-GTATGCA
genomic: TGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTT-GAAgtgagtgctt ... ctgcttatagGATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTA-CTCAAGTATGCA
EST: gi|192313972|gb|FK007676.1|FK007676
EST:     TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAA                         GATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
genomic: TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAAgtgagtgctt ... ctgcttatagGATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
EST: gi|193437496|gb|FK401781.1|FK401781
EST:     TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAA                         GATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
genomic: TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAAgtgagtgctt ... ctgcttatagGATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
EST: gi|6719605|gb|AW307252.1|AW307252
EST:     TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAA                         GATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
genomic: TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAAgtgagtgctt ... ctgcttatagGATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
EST: gi|19268914|gb|BM885170.1|BM885170
EST:     TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAA                         GATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA
genomic: TTGTTGGTGCTCTATTGTCCAAGATTGTCGATGATCAGTCCATTCTTGAAgtgagtgctt ... ctgcttatagGATGAACCAAGGTTAAGAGAAGTACTCAAGTATGCAAATGCATGTGGAGCA