Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGTGATTGTTAAGTTCAAGGATGGTGTTGCTGTTGATGAACTCATTCAAGGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATGgtataaaactatatatcatcagtttactttgtttcaagatagttatgattcttatttcccttaacacatacttttatgcatttatcttatgggtgaatgg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G09120.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192326805|gb|FK018557.1|FK018557
EST:     GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATG                         GGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
genomic: GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATGgtataaaact ... tgtatggcagGGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
EST: gi|13252306|gb|BG363209.1|BG363209
EST:     GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATG                         GGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
genomic: GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATGgtataaaact ... tgtatggcagGGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
EST: gi|5605740|gb|AI899804.1|AI899804
EST:     GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATG                         GGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
genomic: GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATGgtataaaact ... tgtatggcagGGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
EST: gi|192327262|gb|FK018114.1|FK018114
EST:     GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATG                         GGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
genomic: GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATGgtataaaact ... tgtatggcagGGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
EST: gi|19054224|gb|BM732891.1|BM732891
EST:     GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATG                         GGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
genomic: GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATGgtataaaact ... tgtatggcagGGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
EST: gi|51341318|gb|CO982635.1|CO982635
EST:     GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATG                         GGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
genomic: GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATGgtataaaact ... tgtatggcagGGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
EST: gi|298163695|gb|HO012428.1|HO012428
EST:     GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATG                         GGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
genomic: GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATGgtataaaact ... tgtatggcagGGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
EST: gi|151412240|gb|EV282052.1|EV282052
EST:     GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATG                         GGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
genomic: GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATGgtataaaact ... tgtatggcagGGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
EST: gi|15814830|gb|BI787105.1|BI787105
EST:     GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATG                         GGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
genomic: GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATGgtataaaact ... tgtatggcagGGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
EST: gi|192327759|gb|FK022052.1|FK022052
EST:     GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATG                         GGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGTTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
genomic: GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATGgtataaaact ... tgtatggcagGGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
EST: gi|7285165|gb|AW597652.1|AW597652
EST:     GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATG                         GGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
genomic: GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATGgtataaaact ... tgtatggcagGGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
EST: gi|12689992|gb|BG156328.1|BG156328
EST:     GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATG                         GGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT
genomic: GGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATGgtataaaact ... tgtatggcagGGGAAAGGACATTGAAAGTCATGATATGCTAAGACAAGGTTTCACTCATGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGTGATTGTTAAGTTCAAGGATGGTGTTGCTGTTGATGAACTCATTCAAGGGTTGGAGAAGATGGTCTCGGGGATTGACCATGTCAAGTCCTTCGAATGgtataaaactatatatcatcagtttactttgtttcaagatagttatgattcttatttcccttaacacatacttttatgcatttatcttatgggtgaatgg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG