1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
AATTCTTATTGGCTTTACAATGTACCATGGGGCATGTACAAATCATTGATGTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttatatatcaatttcttgctttgttctttttttggcttggtgacattagtgttctgttgtttcaatgtcatgtgacatattttatggcatgtag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G30910.1 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|208273115|gb|GE068399.1|GE068399
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: TACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|208272871|gb|GE072313.1|GE072313
genomic: TACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|15812620|gb|BI784895.1|BI784895
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|12772704|gb|BG237640.1|BG237640
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|21887438|gb|BQ740651.1|BQ740651
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|213592373|gb|DB983065.1|DB983065
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGGAAGCTTAGCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACA-CAEST: gi|208251122|gb|GE049601.1|GE049601
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|208143740|gb|GD943415.1|GD943415
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|208139748|gb|GD939410.1|GD939410
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: TACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|208263585|gb|GE063383.1|GE063383
genomic: TACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: TTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|209702643|gb|BW652738.1|BW652738
genomic: TTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|207785501|gb|GD755682.1|GD755682
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|9984065|gb|BE658222.1|BE658222
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|209710516|gb|BW662052.1|BW662052
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|193342522|gb|FK306782.1|FK306782
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|193664810|gb|FK610826.1|FK610826
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|208323136|gb|GE118291.1|GE118291
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|213610509|gb|DB978550.1|DB978550
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTAACTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGAGACCAEST: gi|51335534|gb|CO979400.1|CO979400
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|208225992|gb|GE025459.1|GE025459
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: TACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTG-AAATG GACATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCEST: gi|208023614|gb|GD821719.1|GD821719
genomic: TACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagG-CATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACC
EST: TACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTG-AAATG GACATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCEST: gi|208253853|gb|GE055579.1|GE055579
genomic: TACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagG-CATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACC
EST: TGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|208080843|gb|GD873769.1|GD873769
genomic: TGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|58018438|gb|CX705180.1|CX705180
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|207769471|gb|GD742093.1|GD742093
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|193602318|gb|FK558371.1|FK558371
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|208028157|gb|GD822257.1|GD822257
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: TACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAA-TG GCATGGATGATCCEST: gi|207681985|gb|GD662508.1|GD662508
genomic: TACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCC
EST: TACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAA-TG GACATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCEST: gi|207783519|gb|GD758053.1|GD758053
genomic: TACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagG-CATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACC
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGEST: gi|207833323|gb|GD804454.1|GD804454
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGG
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|298165680|gb|HO008651.1|HO008651
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|208243969|gb|GE037926.1|GE037926
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: TACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GACATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCEST: gi|207813101|gb|GD785021.1|GD785021
genomic: TACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagG-CATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACC
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACEST: gi|192332518|gb|FK025623.1|FK025623
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGAC
EST: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|6727023|gb|AW311377.1|AW311377
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|207826830|gb|GD801075.1|GD801075
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCAEST: gi|209718600|gb|BW674726.1|BW674726
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
EST: ATACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATG GCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
genomic: GTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttat ... tggcatgtagGCATGGATGATCCGGGTAATGTGACTCTTCCCAAGGGTTTGCATGACACCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATTCTTATTGGCTTTACAATGTACCATGGGGCATGTACAAATCATTGATGTACATAAAGGAACGTTATGGAAACCCAACTGTTATCTTATCTGAAAATGgtaacgttatatatcaatttcttgctttgttctttttttggcttggtgacattagtgttctgttgtttcaatgtcatgtgacatattttatggcatgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA