Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CACCCTTGGTGGCAGTCATGGAATACCTAAAGTACACTACAAAGGGAGACAAGGGGAATATTATGTGATGgtatgacctacacaacaaccattttattttctcgtcaccaactttactatagaacatttttatttgggtacgtatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G47680.3
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G47680.3 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv06s0004g01090.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
CACCCTTGGTGGCAGTCATGGAATACCTAAAGTACACTACAAAGGGAGACAAGGGGAATATTATGTGATGgtatgacctaca-caacaaccattttattttctcgtcaccaactttactatagaacatttttatttgggtacgtatgcag
||| || ||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||| |  ||||| || |||||||||||||||||| | ||| |||      |||| |||| |        |  |     |  ||||||||| | |  || |  |     
CACTCTGGGTGGCAGTCATGGAGTGCCTAGAGTACACTATAAAGGAAAGCAAGGAGACTATTATGTGATGgtatgatccacagcaatgtgtcttttgttttttatatctttatgtattggtctaacattttt-tatatgttcaaag----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209715930|gb|BW650947.1|BW650947
EST:     GAATACCTAAAGTACACTACAAAGGGAGACAAGGGGAATATTATGTGATG                         GTGATGGACATGCTTGGTCCAAGCTTGTGGGAT
genomic: GAATACCTAAAGTACACTACAAAGGGAGACAAGGGGAATATTATGTGATGgtatgaccta ... acgtatgcagGTGATGGACATGCTTGGTCCAAGCTTGTGGGAT