1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gagtatttgttctttctggcaaaggcttaaattttatcaattgtttgtttcctcctccctctctgttattattattgacatttttggttgtacaatttagATGTTTTGCAGCAAGGCTGGACTGTGGACCCTGCCTCTCAGATGCTTATTGTGAAGAAGCAACCTGTTGTGACAGAGCAGAAACTTGATCCGAGTAAATT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G19620.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAAAGACACTGCTTTATTTCTGGGAATGAATGAGGATGATGCTACAAATT ATGTTTTGCAGCAAGGCTGGACTGTGGACCCTGCCTCTCAGATGCTTATTGEST: gi|4292623|gb|AI441931.1|AI441931
genomic: TAAAGACACTGCTTTATTTCTGGGAATGAATGAGGATGATGCTACAAATTgtaagttatt ... tacaatttagATGTTTTGCAGCAAGGCTGGACTGTGGACCCTGCCTCTCAGATGCTTATTG
EST: TAAAGACACTGCTTAATTTCTGGGAATGAATGAGGATGATGCT-CAAATT ATGTTTT-CAGCAAGGCTGGACTGTGGACCCTGCCTCTCAGATGCTTATTGEST: gi|208288358|gb|GE084371.1|GE084371
genomic: TAAAGACACTGCTTTATTTCTGGGAATGAATGAGGATGATGCTACAAATTgtaagttatt ... tacaatttagATGTTTTGCAGCAAGGCTGGACTGTGGACCCTGCCTCTCAGATGCTTATTG
EST: TAAAGACACTGCTTTATTTCTGGGAATGAATGAGGATGATGCTACAAATT ATGTTTTGCAGCAAGGCTGGACTGTGGACCCTGCCTCTCAGATGCTTATTGEST: gi|192334804|gb|FK025953.1|FK025953
genomic: TAAAGACACTGCTTTATTTCTGGGAATGAATGAGGATGATGCTACAAATTgtaagttatt ... tacaatttagATGTTTTGCAGCAAGGCTGGACTGTGGACCCTGCCTCTCAGATGCTTATTG
EST: TAAAGACACTGCTTTATTTCTGGGAATGAATGAGGATGATGCTACAAATT ATGTTTTGCAGCAAGGCTGGACTGTGGACCCTGCCTCTCAGATGCTTATTG
genomic: TAAAGACACTGCTTTATTTCTGGGAATGAATGAGGATGATGCTACAAATTgtaagttatt ... tacaatttagATGTTTTGCAGCAAGGCTGGACTGTGGACCCTGCCTCTCAGATGCTTATTG
tgtttcctcctccctctctgttattattattgacatttttggttgtacaatttagATGTTTTGCAGCAAGGCTGGACTGTGGACCCTGCCTCTCAGATGCTTATTGTGAAGAAGCAACCTGTTGTGACAGAGCAGAAACTTGATCCGAGTAAATT
tattgac putative branch site (score: 2)
tgttattattattgac TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gagtatttgttctttctggcaaaggcttaaattttatcaattgtttgtttcctcctccctctctgttattattattgacatttttggttgtacaatttagATGTTTTGCAGCAAGGCTGGACTGTGGACCCTGCCTCTCAGATGCTTATTGTGAAGAAGCAACCTGTTGTGACAGAGCAGAAACTTGATCCGAGTAAATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG