1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...atgccttttgataaaggccattatgatatgaatttctcaagttcaatattccagttttatattggcaaataatcttgttaactgggtgatccatgtttagGAAAATCTTGGATGAAGTGGAGATACGAGAGTTGCTCATTGATCATGTTGGTCATCGTTGCTGTTGGGGTAGTCGTCCTGCTCGAACATGGAGGATTCAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G17240.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGGGTGGATATGGAGGAGATTATGGTGGACCCACACCCCAATTCCAGAG GAAAATCTTGGATGAAGTGGAGATACGAGAGTTGCTCATTGATCATGTTGGEST: gi|7147519|gb|AW509441.1|AW509441
genomic: CAGGGTGGATATGGAGGAGATTATGGTGGACCCACACCCCAATTCCAGAGgtataatcac ... ccatgtttagGAAAATCTTGGATGAAGTGGAGATACGAGAGTTGCTCATTGATCATGTTGG
EST: CAGGGTGGATATGGAGGAGATTATGGTGGACCCACACCCCAATTCCAGAG GAAAATCTTGGATGAAGTGGAGATACGAGAGTTGCTCATTGATCATGTTGGEST: gi|151405264|gb|EV275078.1|EV275078
genomic: CAGGGTGGATATGGAGGAGATTATGGTGGACCCACACCCCAATTCCAGAGgtataatcac ... ccatgtttagGAAAATCTTGGATGAAGTGGAGATACGAGAGTTGCTCATTGATCATGTTGG
EST: CAGGGTGGATATGGAGGAGATTATGGTGGACCCACACCCCAATTCCAGAG GAAAATCTTGGATGAAGTGGAGATACGAGAGTTGCTCATTGATCATGTTGGEST: gi|209702781|gb|BW660672.1|BW660672
genomic: CAGGGTGGATATGGAGGAGATTATGGTGGACCCACACCCCAATTCCAGAGgtataatcac ... ccatgtttagGAAAATCTTGGATGAAGTGGAGATACGAGAGTTGCTCATTGATCATGTTGG
EST: CAGGGTGGATATGGAGGAGATTATGGTGGACCCACACCCCAATTCCAGAG GAAAATCTTGGATGAAGTGGAGATACGAGAGTTGCTCATTGATCATGTTGG
genomic: CAGGGTGGATATGGAGGAGATTATGGTGGACCCACACCCCAATTCCAGAGgtataatcac ... ccatgtttagGAAAATCTTGGATGAAGTGGAGATACGAGAGTTGCTCATTGATCATGTTGG
atattccagttttatattggcaaataatcttgttaactgggtgatccatgtttagGAAAATCTTGGATGAAGTGGAGATACGAGAGTTGCTCATTGATCATGTTGGTCATCGTTGCTGTTGGGGTAGTCGTCCTGCTCGAACATGGAGGATTCAT
tgttaac putative branch site (score: 2)
aaataatcttgttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgccttttgataaaggccattatgatatgaatttctcaagttcaatattccagttttatattggcaaataatcttgttaactgggtgatccatgtttagGAAAATCTTGGATGAAGTGGAGATACGAGAGTTGCTCATTGATCATGTTGGTCATCGTTGCTGTTGGGGTAGTCGTCCTGCTCGAACATGGAGGATTCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- -ccttttg
- - - - - - - -ggccatt
- - - - - - - - - - - -tgatatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgggtga