1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tgcatagctatattaatgtttcttgagaagtaaaataatttgctatgtcaagttggtggatcaaatatttcaaatgtttgagtaattgttgtgttgacagATGGAAGGCAAGGTTGGCCTGAGTTTGCTCCTTATGATGCCATTCACGTTGGAGCAGCGGCACCCGAAATCCCCCAACCACTTATTGACCAGTTGAAGCC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G02810.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTGCAGCTCAACCATTGAAAGGTGGTTCCCTTTCTGTGCATGCTGGTG ATGGAAGGCAAGGTTGGCCTGAGTTTGCTCCTTATGATGCCATTCACGTTGEST: gi|298198196|gb|HO039735.1|HO039735
genomic: TGCTGCAGCTCAACCATTGAAAGATGGTTCCCTTTCTGTGCATGCTGGTGgtatgtttct ... gtgttgacagATGGAAGGCAAGGTTGGCCTGAGTTTGCTCCTTATGATGCCATTCACGTTG
EST: TGCTGCAGCTCAACCATTGAAAGATGGTTCCCTTTCTGTGCATGCTGGTG ATGGAAGGCAAGGTTGGCCTGAGTTTGCTCCTTATGATGCCATTCACEST: gi|151405371|gb|EV275185.1|EV275185
genomic: TGCTGCAGCTCAACCATTGAAAGATGGTTCCCTTTCTGTGCATGCTGGTGgtatgtttct ... gtgttgacagATGGAAGGCAAGGTTGGCCTGAGTTTGCTCCTTATGATGCCATTCAC
EST: TGCTGCAGCTCAACCATTGAAAGATGGTTCCCTTTCTGTGCATGCTGGTG ATGGAAGGCAAGGTTGGCCTGAGTTTGCTCCTTATGATGCCATTCACGTTGEST: gi|151401850|gb|EV271663.1|EV271663
genomic: TGCTGCAGCTCAACCATTGAAAGATGGTTCCCTTTCTGTGCATGCTGGTGgtatgtttct ... gtgttgacagATGGAAGGCAAGGTTGGCCTGAGTTTGCTCCTTATGATGCCATTCACGTTG
EST: TGCTGCAGCTCAACCATTGAAAGATGGTTCCCTTTCTGTGCATGCTGGTG ATGGAAGGCAAG-TTGGCCTGEST: gi|9440177|gb|BE440687.1|BE440687
genomic: TGCTGCAGCTCAACCATTGAAAGATGGTTCCCTTTCTGTGCATGCTGGTGgtatgtttct ... gtgttgacagATGGAAGGCAAGGTTGGCCTG
EST: TGCTGCAGCTCAACCATTGAAAGATGGTTCCCTTTCTGTGCATGCTGGTG ATGGAAGGCAAGGTTGGCCTGAGTTTGCTCCTTATGATGCCATTCACGTTGEST: gi|151395357|gb|EV265228.1|EV265228
genomic: TGCTGCAGCTCAACCATTGAAAGATGGTTCCCTTTCTGTGCATGCTGGTGgtatgtttct ... gtgttgacagATGGAAGGCAAGGTTGGCCTGAGTTTGCTCCTTATGATGCCATTCACGTTG
EST: TGCTGCAGCTCAACCATTGAAAGATGGTTCCCTTTCTGTGCATGCTGGTG ATGGAAGGCAAGGTTGGCCTGAGTTTGCTCCTTATGATGCCATTCACGTTG
genomic: TGCTGCAGCTCAACCATTGAAAGATGGTTCCCTTTCTGTGCATGCTGGTGgtatgtttct ... gtgttgacagATGGAAGGCAAGGTTGGCCTGAGTTTGCTCCTTATGATGCCATTCACGTTG
tgtcaagttggtggatcaaatatttcaaatgtttgagtaattgttgtgttgacagATGGAAGGCAAGGTTGGCCTGAGTTTGCTCCTTATGATGCCATTCACGTTGGAGCAGCGGCACCCGAAATCCCCCAACCACTTATTGACCAGTTGAAGCC
aaatatttcaaatgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgcatagctatattaatgtttcttgagaagtaaaataatttgctatgtcaagttggtggatcaaatatttcaaatgtttgagtaattgttgtgttgacagATGGAAGGCAAGGTTGGCCTGAGTTTGCTCCTTATGATGCCATTCACGTTGGAGCAGCGGCACCCGAAATCCCCCAACCACTTATTGACCAGTTGAAGCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - -aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctatgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgtttg