1 5' 3' |
...tatatatactaataaaaaatgctttctttaattgtatattgataaatagaataagaaaacaagatatacctatgggatttaattgaatgtataaacacagGTGCAGAATGTTCAAAGAGTGGAATGGGAAATGCTGTGTACGAATACAGAACAAGAGGAACAGAGAATGTAAAGAAGGAGGAGGGAAGGAGAAAATATAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G39510.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACACCATCCTTCTCACATCCACCTTCATCATTCCCTGCTATGCCAACAA GTGCAGAATGTTCAAAGAGTGGAATGGGAAATGCTGTGTACGAATACNGAAEST: gi|14205415|gb|BG839093.1|BG839093
genomic: TACACCATCCTTCTCACATCCACCTTCATCATTCCCTGCTATGCCAACAAgtaagcacca ... ataaacacagGTGCAGAATGTTCAAAGAGTGGAATGGGAAATGCTGTGTACGAATACAGAA
EST: TACACCATCCTTCTCACATCCACCTTCATCATTCCCTGCTATGCCAACAA GTGCAGAATGTTCAAAGAGTGGAATGGGAAATGCTGTGTACGAATACAGAAEST: gi|14205423|gb|BG839101.1|BG839101
genomic: TACACCATCCTTCTCACATCCACCTTCATCATTCCCTGCTATGCCAACAAgtaagcacca ... ataaacacagGTGCAGAATGTTCAAAGAGTGGAATGGGAAATGCTGTGTACGAATACAGAA
EST: TACACCATCCTTCTCACATCCACCTTCATCATTCCCTGCTATGCCAACAA GTGCAGAATGTTCAAAGAGTGGAATGGGAAATGCTGTGTACGAATACAGAA
genomic: TACACCATCCTTCTCACATCCACCTTCATCATTCCCTGCTATGCCAACAAgtaagcacca ... ataaacacagGTGCAGAATGTTCAAAGAGTGGAATGGGAAATGCTGTGTACGAATACAGAA
atagaataagaaaacaagatatacctatgggatttaattgaatgtataaacacagGTGCAGAATGTTCAAAGAGTGGAATGGGAAATGCTGTGTACGAATACAGAACAAGAGGAACAGAGAATGTAAAGAAGGAGGAGGGAAGGAGAAAATATAG
atttaat putative branch site (score: 4)
atttaattgaatgtat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatatatactaataaaaaatgctttctttaattgtatattgataaatagaataagaaaacaagatatacctatgggatttaattgaatgtataaacacagGTGCAGAATGTTCAAAGAGTGGAATGGGAAATGCTGTGTACGAATACAGAACAAGAGGAACAGAGAATGTAAAGAAGGAGGAGGGAAGGAGAAAATATAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - taaaaaa
- - - - - - - - - -tgctttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaatagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaatgt