Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aagataattacttgtttgggtttcagttgtcttgaattatctccaatcttaagtaatatataaattattattcattttaaattttgatgctgtgtttcagGAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACAATGGGTGTATATGTCCGTGATTTGCTTCTTGGACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G40900.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G40900.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os05g08600.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
--aagataattacttgtttgggtttcagttgtcttgaattatctccaatcttaagtaatatataaattattattcattttaaattttgatgctgtgtttcagGAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACAATGGGTGTATATGTCCGTGATTTGCTTCTTGGACAG
  |  | || || |  ||  |    |  ||    ||  |  ||   |   |||  | | |||||     |  ||   |||||||||  ||| | |  | |||||||| || || |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||| |  | |||||||||
caataagaagtaatcattgtgccaccttttactctgtctagtccatatgattacatcagatatatgagttgcttttatttaaattt--atgttctcatgcagGAATTCTCCCCTGGATCTAATGGTCGCATGACAACCATGGGTGTTTATGTGCGTGATCTTATACTTGGACAG

upper sequence: GLYMA02G40900.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G37370.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
aagataattacttgtttgggtttcagttgtcttgaattatctccaatcttaagtaatatataaattattattcattttaa-----attttgatgctgtgt-ttcagGAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACAATGGGTGTATATGTCCGTGATTTGCTTCTTGGACAG
     |  || || |  |   ||||  |  | || | |    |   | | ||      | |  | |  ||| || |||||     ||| || |  | ||| ||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |
----cacctagttatcagaaattca--taacatgcactccaacttctttgaacatggctctgcactggtatacagtttaacgtgaattatgtttttttgtcttcagGAGTTTTCACCAGGATCAAATGGACGGATGACGACAATGGGTGTTTATGTACGTGATTTGCTGCTTGGACTG

upper sequence: GLYMA02G40900.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0043g00270.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
--aagataattacttgtttgggtttcagttgtc--ttgaattatctccaatcttaagtaatatataaattattattcattttaaattttgatgctgtgtttcagGAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACAATGGGTGTATATGTCCGTGATTTGCTTCTTGGACAG
  ||    ||| ||    |   |    |       || |    | |    |  ||  || |     ||| |   |    | |    | ||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||| || || ||||||
gaaatgggatttctaaaataaatccatgacaataattaagaggtttttctttctacatattcacagaatcacagtattatct---ctatgat-ttgtgtttcagGAATTCTCTCCTGGATCTACTGGTAGAATGACCACAATGGGTGCATATGTTCGTGATTTACTCCTGGGACAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192304017|gb|FG995289.1|FG995289
EST:     ATCCAAAGACACTATGGAATTGGTTTGAGCCATATGTAAAAGATGATGAG                         GAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACAATGGGTGTATATGTC
genomic: ATCCAAAGACACTATGGAATTGGTTTGAGCCATATGTAAAAGATGATGAGgtaggatgac ... tgtgtttcagGAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACAATGGGTGTATATGTC
EST: gi|9987823|gb|BE661931.1|BE661931
EST:     ATCCAAAGACACTATGGAATTGGTTTGAGCCATATGTAAAAGATGATGAG                         GAATTTTCTTCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACCATGGGTGTATATGTC
genomic: ATCCAAAGACACTATGGAATTGGTTTGAGCCATATGTAAAAGATGATGAGgtaggatgac ... tgtgtttcagGAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACAATGGGTGTATATGTC
EST: gi|213591364|gb|DB955712.1|DB955712
EST:     ATCCAAAGACACTATGGAATTGGTTTGAGCCATATGTAAAAGATGATGAG                         GAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTAC
genomic: ATCCAAAGACACTATGGAATTGGTTTGAGCCATATGTAAAAGATGATGAGgtaggatgac ... tgtgtttcagGAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTAC
EST: gi|254343401|gb|GR857105.1|GR857105
EST:     ATCCAAAGACACTATGGAATTGGTTTGAGCCATATGTAAAAGATGATGAG                         GAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACAATGGGTGTATATGTC
genomic: ATCCAAAGACACTATGGAATTGGTTTGAGCCATATGTAAAAGATGATGAGgtaggatgac ... tgtgtttcagGAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACAATGGGTGTATATGTC
EST: gi|254318502|gb|GR832670.1|GR832670
EST:     ATCCAAAGACACTATGGAATTGGTTTGAGCCATATGTAAAAGATGATGAG                         GAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACA-TGGGTGTATATGTC
genomic: ATCCAAAGACACTATGGAATTGGTTTGAGCCATATGTAAAAGATGATGAGgtaggatgac ... tgtgtttcagGAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACAATGGGTGTATATGTC
EST: gi|213595216|gb|DB962355.1|DB962355
EST:     ATCCAAAGACACTATGGAATTGGTTTGAGCCATATGTAANAGATGATGAG                         GAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACA
genomic: ATCCAAAGACACTATGGAATTGGTTTGAGCCATATGTAAAAGATGATGAGgtaggatgac ... tgtgtttcagGAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcttaagtaatatataaattattattcattttaaattttgatgctgtgtttcagGAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACAATGGGTGTATATGTCCGTGATTTGCTTCTTGGACAG
                                    ttttgat  putative branch site (score: 4)
     aagtaatatataaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aagataattacttgtttgggtttcagttgtcttgaattatctccaatcttaagtaatatataaattattattcattttaaattttgatgctgtgtttcagGAATTTTCTCCCGGATCTAATGGTCGAATGACTACAATGGGTGTATATGTCCGTGATTTGCTTCTTGGACAG

- - - - - - -gtttggg
- - - - - - - - - - - - - -tgtcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgatgc