1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...cctttgcacagcgcgttgcttcctcacaactacccgcctatgtcgctgtcatgtcactcctgtcactctgaccacggagcacatcgccctcgccgtacagATAACAATTTGGATGGGGTCCTGTCGGTGGAAGGCGTGTCATACCCCGTCAAGCTGCTCAATCTCCCCACGGTGGTGGAGGCGTACAAAACATACGATGA
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP09613 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ctgtcatgtcactcctgtcactctgaccacggagcacatcgccctcgccgtacagATAACAATTTGGATGGGGTCCTGTCGGTGGAAGGCGTGTCATACCCCGTCAAGCTGCTCAATCTCCCCACGGTGGTGGAGGCGTACAAAACATACGATGA
ctctgac putative branch site (score: 3)
tcgccctc putative PPT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cctttgcacagcgcgttgcttcctcacaactacccgcctatgtcgctgtcatgtcactcctgtcactctgaccacggagcacatcgccctcgccgtacagATAACAATTTGGATGGGGTCCTGTCGGTGGAAGGCGTGTCATACCCCGTCAAGCTGCTCAATCTCCCCACGGTGGTGGAGGCGTACAAAACATACGATGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- -ttgcaca
- - - - - - - - - - - - -acaacta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcactct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagcaca