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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agattgcctaccgtctgccattagcttatctactcatgtgaatgtcccccacctgacacgccacgctgacacgcgctgcctgccacccacccaccaccagCCCGCCAACGTCCTGATCAACGACCCCACCTCTGACACGCCCGGCGTCAAGCTCACG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP07917
intron # 14
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cccccacctgacacgccacgctgacacgcgctgcctgccacccacccaccaccagCCCGCCAACGTCCTGATCAACGACCCCACCTCTGACACGCCCGGCGTCAAGCTCACG
                  cgctgac  putative branch site (score: 3)
                                        cccaccc  putative PPT
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agattgcctaccgtctgccattagcttatctactcatgtgaatgtcccccacctgacacgccacgctgacacgcgctgcctgccacccacccaccaccagCCCGCCAACGTCCTGATCAACGACCCCACCTCTGACACGCCCGGCGTCAAGCTCACG

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- - - - - - - - - - - - - - -ctactca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acacgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacgcgc
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