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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagagccgggaggagccgcgggactggggagggcctcgggagcagtggcgggtggaagggggggggggggctgcaggcaggcgggcaggcgagtggcagaggaagatgcgtggggtgtttttgtgggtgtatcccaagtatccaccagtgctgctcccaccgccgccccctccaccacacagGGACTTCGCCTACCCTGCCGGCACGCTGCCGCCGCTGCTGGTCAAGAGCCACGGCGGCCCCACCTCCGCCGCCGCCTCCGGACTCAGCCCCCTCATCCAG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP06529
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|49460176|gb|BP088089.1|BP088089
EST:     CGCACATGCTCTACTACCCGCCCGTCAACAA                         GGACTTCGCCTACCCTGCCGGCACGCTGCCGCCGCTGCTGGTCAAGAGCCA
genomic: CGCACATGCTCTACTACCCGCCCGTCAACAAgtgagagccg ... caccacacagGGACTTCGCCTACCCTGCCGGCACGCTGCCGCCGCTGCTGGTCAAGAGCCA
EST: gi|23366799|gb|BU654618.1|BU654618
EST:     GACGGCCAGCCCGCCACCGCGCACATGCTCTACTACCCGCCCGTCAACAA                         GGACTTCGCCTACCCTGCCGGCACGCTGCCGCCGCTGCTGGTCAAGAGCCA
genomic: GACGGCCAGCCCGCCACCGCGCACATGCTCTACTACCCGCCCGTCAACAAgtgagagccg ... caccacacagGGACTTCGCCTACCCTGCCGGCACGCTGCCGCCGCTGCTGGTCAAGAGCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtatcccaagtatccaccagtgctgctcccaccgccgccccctccaccacacagGGACTTCGCCTACCCTGCCGGCACGCTGCCGCCGCTGCTGGTCAAGAGCCACGGCGGCCCCACCTCCGCCGCCGCCTCCGGACTCAGCCCCCTCATCCAG
                                ccgccgccccctcc  CT-rich tract