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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgtggacaggggggttggggatatgtggccgacatttgtaatcactttgtcaacgcggcgggcggcgccccggcatgcaggacgcgacgcgaaccaacctttctgatcccacccctcctttacaatgtgtctttcccaaccgtccctccctcccctccccctccctcctcaaacaaaaacaacaccgcacagCGCCAACTGGACGACCTGGCATTCCGCAAGCAGATGCAGATGGCGCGAGACACGGGCGAGGCACGAGCCGCCTTCAACCTGCGCATGGGCGAGTACCGCA

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP06267
intron # 40
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22059177|gb|BQ813292.1|BQ813292
EST:     ACGAGGCGGCGAGCCGCATGATGATGATGGAG                         CGCCAACTGGACGACCTGGCATTCCGCAAGCAGATGCAGATGGCGCGAGAC
genomic: ACGAGGCGGCGAGCCGCATGATGATGATGGAGgtgtgtggac ... caccgcacagCGCCAACTGGACGACCTGGCATTCCGCAAGCAGATGCAGATGGCGCGAGAC
EST: gi|16432080|gb|BI997306.1|BI997306
EST:     AGATAGAGGACGCGCGGCACGAGGCGGCGAGCCGCATGATGATGATGGAG                         CGCCAACTGGACGACCTGGCATTCCGCAAGCAGATGCAGATGGCGCGAGAC
genomic: AGATAGAGGACGCGCGGCACGAGGCGGCGAGCCGCATGATGATGATGGAGgtgtgtggac ... caccgcacagCGCCAACTGGACGACCTGGCATTCCGCAAGCAGATGCAGATGGCGCGAGAC
EST: gi|16430678|gb|BI995904.1|BI995904
EST:     AGATAGAGGACGCGCGGCACGAGGCGGCGAGCCGCATGATGATGATGGAG                         CGCCAACTGGACGACCTGGCATTCCGCAAGCAGATGCAGATGGCGCGAGAC
genomic: AGATAGAGGACGCGCGGCACGAGGCGGCGAGCCGCATGATGATGATGGAGgtgtgtggac ... caccgcacagCGCCAACTGGACGACCTGGCATTCCGCAAGCAGATGCAGATGGCGCGAGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaccgtccctccctcccctccccctccctcctcaaacaaaaacaacaccgcacagCGCCAACTGGACGACCTGGCATTCCGCAAGCAGATGCAGATGGCGCGAGACACGGGCGAGGCACGAGCCGCCTTCAACCTGCGCATGGGCGAGTACCGCA
                                 aaacaaaaa  TA-rich tract