1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...attgtctaccgtccaccgcttccttaaataatcatgaatgtaacccctccccaagacccagccccccacaccctaaaaccctatcctgtgtgcctggcagATGGACCCGGCTGACGTGGTGATTGTGGAGGGCATCCTGGTGCTGGCCATGGAGGAGGTGCGCGACCAGCTCAACATGAAGATCTACGTGGACACGG
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP04387 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
cctccccaagacccagccccccacaccctaaaaccctatcctgtgtgcctggcagATGGACCCGGCTGACGTGGTGATTGTGGAGGGCATCCTGGTGCTGGCCATGGAGGAGGTGCGCGACCAGCTCAACATGAAGATCTACGTGGACACGG
ccctaaa putative branch site (score: 3)
taaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attgtctaccgtccaccgcttccttaaataatcatgaatgtaacccctccccaagacccagccccccacaccctaaaaccctatcctgtgtgcctggcagATGGACCCGGCTGACGTGGTGATTGTGGAGGGCATCCTGGTGCTGGCCATGGAGGAGGTGCGCGACCAGCTCAACATGAAGATCTACGTGGACACGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
-ttgtcta
- - - - - - - - - - - - - -ataatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - tgaatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agaccca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cccacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaccct