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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaggccacgttcgcgtgggaaccgggccacacgctctgcgttggcctaacgcgctttctcaaggccgtttgagcccttagctgatgccgatcgaccgatgtcgcttattcctgctgcgcagCCCGACTAGCCCGGCATATTCGCCGACCAGCCCGGCATACAGCCCAACGTCGCCGGCGTACAGCCCGACGTCGCCGGCTTACAG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP04376
intron # 31
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10791457|gb|AV628823.1|AV628823
EST:     GCCTACAGCCCGACCTCGCCGGCCTACAGCCCGACGAGTCCGGCATACAG                         CCCGACGAGTCCGGCCTACTCGCCAACGTCCCCGGCCTACAGCCCCACGTC
genomic: GCCTACAGCCCGACCTCGCCGGCCTACAGCCCGACGAGTCCGGCATACAGgtgaggcggg ... cgcattgcagCCCGACGAGTCCGGCCTACTCGCCAACGTCCCCGGCCTACAGCCCCACGTC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttgagcccttagctgatgccgatcgaccgatgtcgcttattcctgctgcgcagCCCGACTAGCCCGGCATATTCGCCGACCAGCCCGGCATACAGCCCAACGTCGCCGGCGTACAGCCCGACGTCGCCGGCTTACAG
            agctgat  putative branch site (score: 4)
                                     cttattcct  putative PPT
                                      ttatt  TA-rich tract