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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAACTACGCGCCCATCCGCGGCCAGCCGCTGCTCCAAGGCTACCTGGCCGGCACCATGTCCTACTATGCCTACGTGAATGGATTTGAGGGCCTGCTGAAGgtgcgtgcgcggtgcttggcagtgggctagctagtgaggtggtctccgtgttaggctacctgcgcacgccaccggcaccatctgcgccctttgagtgtgt...

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP04053
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15695603|gb|BI719908.1|BI719908
EST:     TGGATTTGAGGGCCTGCTGAAG                         GGATTCGAGGGCCAGTACACCCAACGCTTCCGGGAATTATTCACCAACTAC
genomic: TGGATTTGAGGGCCTGCTGAAGgtgcgtgcgc ... cgggctgcagGGATTCGAGGGCCAGTACACCCAACGCTTCCGGGAATTATTCACCAACTAC
EST: gi|10127003|gb|BE725707.1|BE725707
EST:     GCACCATGTCCTACTATGCCTACGTGAATGGATTTGAGGGCCTGCTGAAG                         GGATTCGAGGGCCAGTACACCCAACGCTTCCGGGAATTATTCACCAACTAC
genomic: GCACCATGTCCTACTATGCCTACGTGAATGGATTTGAGGGCCTGCTGAAGgtgcgtgcgc ... cgggctgcagGGATTCGAGGGCCAGTACACCCAACGCTTCCGGGAATTATTCACCAACTAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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CAACTACGCGCCCATCCGCGGCCAGCCGCTGCTCCAAGGCTACCTGGCCGGCACCATGTCCTACTATGCCTACGTGAATGGATTTGAGGGCCTGCTGAAGgtgcgtgcgcggtgcttggcagtgggctagctagtgaggtggtctccgtgttaggctacctgcgcacgccaccggcaccatctgcgccctttgagtgtgt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tccgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atctgcg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgagtgt