1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tgtccgcctcgctgtcgactggatggcccgcaaacaccgacctatctcgcacacacacataaacacgcaacatgctgctatgtcgctgtggctgccgcagGTCATGGTGCTCGCCCTTGCGAAGAAGAAGTAAAGCTGCGGACACTGCGGGAAGTGGAGGTGGAGGTGCAGCAGGTGGAGATGG
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP02750 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCGCCCAGTCCGGCTACATCCGCGTCGCGCTGATGGCGACCGGCACCCTG GTCATGGTGCTCGCCCTTGCGAAGAAGAAGTAAAGCTGCGGACACTGCGGG
genomic: TCGCCCAGTCCGGCTACATCCGCGTCGCGCTGATGGCGACCGGCACCCTGgtgtgtgcgg ... gctgccgcagGTCATGGTGCTCGCCCTTGCGAAGAAGAAGTAAAGCTGCGGACACTGCGGG
ctcgcacacacacataaacacgcaacatgctgctatgtcgctgtggctgccgcagGTCATGGTGCTCGCCCTTGCGAAGAAGAAGTAAAGCTGCGGACACTGCGGGAAGTGGAGGTGGAGGTGCAGCAGGTGGAGATGG
acataaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtccgcctcgctgtcgactggatggcccgcaaacaccgacctatctcgcacacacacataaacacgcaacatgctgctatgtcgctgtggctgccgcagGTCATGGTGCTCGCCCTTGCGAAGAAGAAGTAAAGCTGCGGACACTGCGGGAAGTGGAGGTGGAGGTGCAGCAGGTGGAGATGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - -aaacacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acacgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatgct