1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tgcactgctatgtgcgcctgcactgccgagttgcgccaattgtcaacatgtatgatgcaaccttggaaacgttgggtgtgtgcctgcgtgtttaccccagGTGACTGGCTCGTTCGACAAGATGGAGCTGATCCGCGGCTACAAGTTCTGTGTGGCCATGGAGAACTCCATCACCAAGGACTACATCACCGAGAAGCTGT
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP01967 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCAGGAGGTGCCCACACACAGCTGGGGCAACTGCGACCGCAACATGGAG GTGACTGGCTCGTTCGACAAGATGGAGCTGATC
genomic: ACCAGGAGGTGCCCACACACAGCTGGGGCAACTGCGACCGCAACATGGAGgtgcggcgcg ... tttaccccagGTGACTGGCTCGTTCGACAAGATGGAGCTGATC
acatgtatgatgcaaccttggaaacgttgggtgtgtgcctgcgtgtttaccccagGTGACTGGCTCGTTCGACAAGATGGAGCTGATCCGCGGCTACAAGTTCTGTGTGGCCATGGAGAACTCCATCACCAAGGACTACATCACCGAGAAGCTGT
tttacccc CT-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgcactgctatgtgcgcctgcactgccgagttgcgccaattgtcaacatgtatgatgcaaccttggaaacgttgggtgtgtgcctgcgtgtttaccccagGTGACTGGCTCGTTCGACAAGATGGAGCTGATCCGCGGCTACAAGTTCTGTGTGGCCATGGAGAACTCCATCACCAAGGACTACATCACCGAGAAGCTGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - -atgtgcg
- - - - - - - - cctgcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gatgcaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgcgtg