1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
GGTGGACTTCGAGGCGCCCACCGCCAACGGCCTGTTCGACCGCGTGGTGTCCATTGAGATGTTCGAGCACATGAAGAACTACCAGCGGCTGCTGCGCAAGgtgggtgggagcaggcggagtgccggcggcatggcatcaggacgcaggtcaatgcagacccatcctgcgtgcgcgcgtttaaaggggtgtgaattagagt...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP01895 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCATTGAGATGTTCGAGCACATGAAGAACTACCAGCGGCTGCTGCGCAAG GTGTCGGGCTGGCTGGCCGCCGAGGGCAAGTCGTTCGTGCACATCTTTCTG
genomic: CCATTGAGATGTTCGAGCACATGAAGAACTACCAGCGGCTGCTGCGCAAGgtgggtggga ... ccttgtgcagGTGTCGGGCTGGCTGGCCGCCGAGGGCAAGTTGTTCGTGCACATCTTCCTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGTGGACTTCGAGGCGCCCACCGCCAACGGCCTGTTCGACCGCGTGGTGTCCATTGAGATGTTCGAGCACATGAAGAACTACCAGCGGCTGCTGCGCAAGgtgggtgggagcaggcggagtgccggcggcatggcatcaggacgcaggtcaatgcagacccatcctgcgtgcgcgcgtttaaaggggtgtgaattagagt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agaccca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cgcgttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgaat