1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
CGTAAAATGATGCGCTGCCTCCGACTCCAAGCTCGCTGGGCCGTCCTGGTGGGCATAGCAATTGCTATCCTTGGAATCGTTAGCTGCACGGCTGCATCTGgtgagttgggtgccctagcacggctgggtgccacatgccgcgttactcagcgcgcttgtggctgtgttgagctccggttagcctcgccaacaagcagacg...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP01100 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGGCATAGCAATTGCTATCCTTGGAATCGTTAGCTGCACGGCTGCATCTG GCCGATCGTTGCTGCATGCCAACATGACCATGGGTACGATGACAAACCTGA
genomic: GGGCATAGCAATTGCTATCCTTGGAATCGTTAGCTGCACGGCTGCATCTGgtgagttggg ... tccccgccagGCCGATCGTTGCTGCATGCCAACATGACCATGGGTACGATGACAAACCTGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGTAAAATGATGCGCTGCCTCCGACTCCAAGCTCGCTGGGCCGTCCTGGTGGGCATAGCAATTGCTATCCTTGGAATCGTTAGCTGCACGGCTGCATCTGgtgagttgggtgccctagcacggctgggtgccacatgccgcgttactcagcgcgcttgtggctgtgttgagctccggttagcctcgccaacaagcagacg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgggtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cgcttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caacaag