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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcggtgcgcaggcgggaggcgctggatgtgacgctgggtgtgctgggacttggagctgctgtgtgtgggagggggccgtctgtgccgactcctgggtccagtaggcgcgtgaagttgcacacggagggtaaggtgaagtgcaagttgataatcccgttggctcaactacacatgtgtatacacacagGACCTGGAGGCGGGAATCCGCATCGGCGACGTGTACGCACTGATGGTCGAGTACTG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP01047
intron # 28
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161796299|gb|FC083382.1|FC083382
EST:     CGCTGCGCGTGTGCGACGAGCTGCTGCGGGCCATCCCGCCCAACAGCCAG                         GACCTGGAGGCGGGAATCCGTATCGGCGACGTGTACGCACTTATGGTCGAG
genomic: CGCTGCGCGTGTGCGACGAGCTGCTGCGGGCCATCCCGCCCAACAGCCAGgtcggtgcgc ... atacacacagGACCTGGAGGCGGGAATCCGCATCGGCGACGTGTACGCACTGATGGTCGAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgaagtgcaagttgataatcccgttggctcaactacacatgtgtatacacacagGACCTGGAGGCGGGAATCCGCATCGGCGACGTGTACGCACTGATGGTCGAGTACTG
          agttgat  putative branch site (score: 5)
            ttgataat  TA-rich tract