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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagcatacttgcgagcgagatgaatgcgtactgtaacccggtaactgtgccgcgctggtcaagcacacgcaccgcccttgtgaccgtgccgcgcggatgagttgcacgcaccgcccttgtgtctgagcctacctgtgctgtgactactcgcttttccccttgcggacccgcagTGGCAGAACGATGCCCTCATGACCCTCACCAACATGGGCGACGGCCAGCGCTACCTGCAAAAG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP00960
intron # 31
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|49470932|gb|BP098793.1|BP098793
EST:     GCATGGCAGTACACATTCTGTGCTTCGCCCTCATCATGGACGGAATCCAC                         TGGCAGAACGATGCCCTCATGACCCTCACCAACATGGGCGACGGCCAGCGC
genomic: GCATGGCAGTACACATTCTGTGCTTCGCCCTCATCATGGACGGAATCCACgtgagcatac ... ggacccgcagTGGCAGAACGATGCCCTCATGACCCTCACCAACATGGGCGACGGCCAGCGC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgtctgagcctacctgtgctgtgactactcgcttttccccttgcggacccgcagTGGCAGAACGATGCCCTCATGACCCTCACCAACATGGGCGACGGCCAGCGCTACCTGCAAAAG
                                cttttccccttgcg  CT-rich tract