1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...cctttccgtcacccctaccaacgcctctgctataccactgcacctggctacgccttcgcttcttaaccaaacatgaacataacccccacccctcgcgcagCCCCGACGGCACCAAGCTGGCTGCGGGCTGCATGGACGGCTCGGTGGCGGTGTGGGACCTGGCCAGTCAGAAGCTGCTGGGGCGGTGCGGTGGACACCAC
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDO98561 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ggctacgccttcgcttcttaaccaaacatgaacataacccccacccctcgcgcagCCCCGACGGCACCAAGCTGGCTGCGGGCTGCATGGACGGCTCGGTGGCGGTGTGGGACCTGGCCAGTCAGAAGCTGCTGGGGCGGTGCGGTGGACACCAC
cccccacccctcgc CT-rich tract
ttcttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cctttccgtcacccctaccaacgcctctgctataccactgcacctggctacgccttcgcttcttaaccaaacatgaacataacccccacccctcgcgcagCCCCGACGGCACCAAGCTGGCTGCGGGCTGCATGGACGGCTCGGTGGCGGTGTGGGACCTGGCCAGTCAGAAGCTGCTGGGGCGGTGCGGTGGACACCAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - -gtcaccc
- - - - - - - -taccaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - -cactgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaccaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -accccca