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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTACTACGCCGGCAACGAGGACGTGTTCCGCTGTGCCGACGCCGCTTACGTGCTGGCCTACTCCGTCATCATGCTCAACACCGACCAGCACAACAACCAGgtgcgaggccagcagtgcagtgatttatgcctattgacaggtggaactggaagctttcgaggcaacacgtgtgtgatgtcgactgccgttgtacccgtctgtgttcacacag

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO98460
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EDO98460 (Chlamydomonas reinhardtii), 5'ss of exon 16
lower sequence: PP1S12_339V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
CTACTACGCCGGCAACGAGGACGTGTTCCGCTGTGCCGACGCCGCTTACGTGCTGGCCTACTCCGTCATCATGCTCAACACCGACCAGCACAACAACCAGgt--gcgaggccagcagtg---cagtgatttatgcctattgacaggtggaactggaagctttcgaggcaacacgtgtgtgatg-tcgactgccgttgtacccgtctgtgttcacacag
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GTATTATCACCAATCGAAGGGCATTTTTGCCAACAAAGATGCCGCGTTTGTGCTGTCATACTCGGTCATTATGCTCAACACCGATCAGCACAACGTGCAGgttagttatttcaactatctctcaatgaactctttttgtttgtaggtgcgtctttgtgcatgagctctgatgtaatcgcactacttgcttgaagttgcaa------------------