1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...cgaagccatgtgggtcgggccccgctcatcaagcccgccccctgagtccctgactttgtgtgttgccaccacccgactgttgcacctgcccacgtggcagTGAGGTGCAGGCGCTGGCGCGCCAGAAACGGCTGGTGTGCCGCGAGGCCTTCCACTACCGCGAGCACCCTCTGGCGGAGCACCTGGTGCAGCTGCTGGGG
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDO98192 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gtccctgactttgtgtgttgccaccacccgactgttgcacctgcccacgtggcagTGAGGTGCAGGCGCTGGCGCGCCAGAAACGGCTGGTGTGCCGCGAGGCCTTCCACTACCGCGAGCACCCTCTGGCGGAGCACCTGGTGCAGCTGCTGGGG
ccctgac putative branch site (score: 3)
cctgccc putative PPT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cgaagccatgtgggtcgggccccgctcatcaagcccgccccctgagtccctgactttgtgtgttgccaccacccgactgttgcacctgcccacgtggcagTGAGGTGCAGGCGCTGGCGCGCCAGAAACGGCTGGTGTGCCGCGAGGCCTTCCACTACCGCGAGCACCCTCTGGCGGAGCACCTGGTGCAGCTGCTGGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - tgtgggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacctgc