1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gctcctggaagcacgccagaatcatcagtgtgcgctgtgtgcaccagcatgcattgttaatattgtgctcttaatcgtgctggtggcattcgttgcgcagGCCATGACGCAAGGGGCTGTGGAGAAGGTCTACCAAAAGGCGCGCAGCTGA
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDO97210 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
agcatgcattgttaatattgtgctcttaatcgtgctggtggcattcgttgcgcagGCCATGACGCAAGGGGCTGTGGAGAAGGTCTACCAAAAGGCGCGCAGCTGA
tcttaat putative branch site (score: 3)
attgttaatattgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gctcctggaagcacgccagaatcatcagtgtgcgctgtgtgcaccagcatgcattgttaatattgtgctcttaatcgtgctggtggcattcgttgcgcagGCCATGACGCAAGGGGCTGTGGAGAAGGTCTACCAAAAGGCGCGCAGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - aagcacg
- - - - - - - - -agaatca
- - - - - - - - - - - - - -gtgtgcg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttaat