1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GCGTGCCAGCAGTTTGCACGGAAGCGCCTGCTGGGCAAAACACTTGCGTTCGCCCCGAACATGGAGCTGCGCCCCCTGGCCAATGCCCTGTACGCTTTGGgtaagctgtccgtccgctagccacggtctgctagttgaccttatgcacggcggggctgcaagctgctgtgcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDO97079 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCCCCGAACATGGAGCTGCGCCCCCTGGCCAATGCCCTGTNACGCTTTGG AGAGGTTGCAGATGGACCTGACCAAAGAGGAGCCGCTCGGTCCACACTTG
genomic: GCCCCGAACATGGAGCTGCGCCCCCTGGCCAATGCCCTGT-ACGCTTTGGgtaagctgtc ... caatacacagAGAGGTTGCAGATGGACCTGACCAAAGAGGAGCCGCTCGGTCCACACCTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCGTGCCAGCAGTTTGCACGGAAGCGCCTGCTGGGCAAAACACTTGCGTTCGCCCCGAACATGGAGCTGCGCCCCCTGGCCAATGCCCTGTACGCTTTGGgtaagctgtccgtccgctagccacggtctgctagttgaccttatgcacggcggggctgcaagctgctgtgcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtccgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctagt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgcacg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgtgt