1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
GAGCTGCTGCTGCTGCTGGACGAGTATTGGGAGGCGCACAAGTCGGAGCTGAGCGGCATACCCATATACCAGgtgtgtgtgtgtgtgcgcttgtgcgcttgtgcgctcaccaatgcgcactccgactgctggcggcacccaagggctggcatgtattaaatctttgctgcct...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDO97006 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGTATTGGGAGGCGCACAAGTCGGAGCTGAACGGCTTACCCATATACCAG GCCAGCTCTATGATGAGCAAGGCACTTGGTGTGTACCAGACGTACGTGGAG
genomic: AGTATTGGGAGGCGCACAAGTCGGAGCTGAGCGGCATACCCATATACCAGgtgtgtgtgt ... cgccccacagGCCAGCTCTATGATGAGCAAGGCACTTGGTGTGTACCAGACGTACGTGGAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAGCTGCTGCTGCTGCTGGACGAGTATTGGGAGGCGCACAAGTCGGAGCTGAGCGGCATACCCATATACCAGgtgtgtgtgtgtgtgcgcttgtgcgcttgtgcgctcaccaatgcgcactccgactgctggcggcacccaagggctggcatgtattaaatctttgctgcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgcgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcaccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctttgc