Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgggttacaaaaacactgtgtttcagatgtgtatcactaatgaaacttgatgtctgaattgtccttgtttacattttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACGTTTGCTTGTACTGATGATGTTTCATCATTAAGCACTGGAACGTCTACCC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G64200.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116484584|gb|EG527176.1|EG527176
EST:     CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCG                         GAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
genomic: CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCGgtgggttaca ... ttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
EST: gi|86085148|gb|DR380907.1|DR380907
EST:     CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCG                         GAATGACTGCAGCNACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
genomic: CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCGgtgggttaca ... ttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
EST: gi|116476599|gb|EG519191.1|EG519191
EST:     GTCAATCTCCTTATGCTGCG                         GAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
genomic: GTCAATCTCCTTATGCTGCGgtgggttaca ... ttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
EST: gi|86080095|gb|DR375852.1|DR375852
EST:     YTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCG                         GAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAMACACG
genomic: CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCGgtgggttaca ... ttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
EST: gi|86082403|gb|DR378162.1|DR378162
EST:     CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCG                         GAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
genomic: CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCGgtgggttaca ... ttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
EST: gi|125063486|gb|EL131448.1|EL131448
EST:     CTTATGCTGCG                         GAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
genomic: CTTATGCTGCGgtgggttaca ... ttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
EST: gi|116476600|gb|EG519192.1|EG519192
EST:     CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCG                         GAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
genomic: CTCTGCGCAAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCGgtgggttaca ... ttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
EST: gi|125026425|gb|EL098694.1|EL098694
EST:     AAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCG                         GAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG
genomic: AAAGTTGATGCTGCTTCTCGAAGTCAATCTCCTTATGCTGCGgtgggttaca ... ttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatcactaatgaaacttgatgtctgaattgtccttgtttacattttgtttgcagGAATGACTGCAGCCACTTGTGAAAGTGATACGGTGTATGATGAAAAACACGTTTGCTTGTACTGATGATGTTTCATCATTAAGCACTGGAACGTCTACCC
                                           ttttgttt  CT-rich tract
                                     tttacattttgttt  TA-rich tract